邢侗的書法成就，為社會所公認。特別其行書為海內外所診。萬歷令內豎以邢侗字扇進覽，為擊節稱賞，命女史學其書，遂置以圖記。邢司馬玠至高麗，有李狀元妻，托致書子願，願為弟子，自恨身為女子，不能入中國。朱宗伯出使，從人適攜邢書二幅，購之黃金同價。琉球使者入貢，願多住些天，買到邢書才去。今倫敦博物館，日本、東南亞諸國皆存其跡。除故宮博物院外，上海、長春、四川、湖北等博物館皆有存跡；臺灣博物館存其書作六幀，存其妹慈靜《蓮瓣觀音圖》壹幀。可惜在他的故鄉臨邑，歷經風雨、兵燹，邢侗紀念館僅存其墨跡中堂壹幅。
邢侗晚歲寫出自己特色之作，多為信劄，流傳不廣，故社會影響不大；加之身處窮鄉僻壤，又不多同外界接觸，故其影響遠不如其他書家。然明四家“邢、張、米、董”，從書藝氣象上看，其他三家皆不逮也。清道光臨邑縣令、閩南莫樹椿為“來禽館”撰過壹聯。 於慎行與邢侗往來十分頻繁，他曾數次到臨邑來看望邢侗，他與邢侗名義上是師徒關系，而實際上是莫逆之交。邢侗的父親七十、八十、九十大壽時，於慎行都寫了祝辭，對邢如約終生行善，救濟貧苦的做法給予很高的評價。他在《奉壽封君邢邑翁先生九十長歌》裏稱贊道：“公年七十八十時，我曾兩度為祝辭，今翁算十復過九，我辭三祝翁許否？濟南古有九十人，轅生伏生席上珍。轅生為郎官不起，伏生授女口不真。翁今有官復有子。方瞳綠發身著紫。江南辭客久停毫，惆悵山東邢柱史。片紙真同片玉看，雞林傳寶出長安。書法妙入鐘文室，騷命早陵屈宋壇。蒼梧碧竹復不少，何言玉山與瓊島。人生百歲苦多愁，如翁千齡顏更好。泲園東望是蓬瀛，清淺桑田幾無經。自是升平多景端，珠 已現老人星。”
萬歷十九年山東舉行鄉試。不知為何泄露出執掌這次鄉試的官員名字，禦史彈劾禮部失職。神宗下詔禮部官員壹律罰俸，於慎行認為自己失職，要求乞休。神宗不允。於慎行連章上奏，懇求引罪辭官，神宗批準。於慎行在回家的路途中寫道“向來多遠夢，從此閉重關。不似終南路。依棲慕世間。”表達了他此番辭官歸家要真正耕讀田園，潛心著書的決心。這是於慎行第二次辭官，這次辭官他在家閑賦十五年。於慎行辭官回到谷城以後，邢侗經常去東阿看望恩師，並且與於慎行四處遊山玩水，飲酒賦詩。邢侗在《起居宗伯尊師於公》裏寫了三首五言律詩：
壹、七上書移疾，三經月改弦，臣心霜露切，帝命起居駢。去任通今日，遲回易長年。獨餘秋夕夢，常繞汶陽田。
二、玉體神明護，春卿禮樂需。門人方慰藉，鄉思復須句。日鑒孤情劇，朝憐絕調無。寄言黃石侶，先佩赤靈符。
三、勸講頭堪白，金門隱星客。不隨嚴子鉤，已授伏生經。袞闕辛勤補，卷阿壹再聆。八方懷舜德，薰吹及焦螟。
萬歷二十壹年（1592），於慎行邀邢侗去遊虎窟洞，師徒二人在途中遇到大雨，邢侗寫了壹首《暮春宗伯尊師邀遊虎窟洞偶雨》五言律詞；“幽洞何年辟，芳筵此時開。依希望虎嘯，颯還見人來。曲細廉織合，淡深鑿落催。吾師能好客。泥滑尚徘徊。”於慎行雖然是邢侗的恩師。但他的年齡只比邢侗長七歲。師徒二人年齡相仿，自然是更加拉近了師徒二人的距離，倆人名義上是師徒關系，實際上猶如莫逆之交，壹切親密無間，無話不說。
在於慎行這壹次辭官十年的時間裏，師徒二人來往非常密切，書信往來也是更多，邢侗又寫《再奉宗伯尊師北樓宴出魯藩名酒又法書作》：“莫問平原飲，東阿同若何。上樓開魯灑，中饌出齊鹺。帙散春雲滿，歌停堞日過。心期欣***賞，寧惜醉顏酡。” 記述了師徒二人閑步田野。飲酒賦詩、逍遙自得的快樂生活。於慎行這壹次居家很久。他除了設館授徒以外，把大部分時間用到讀書著書上來。《谷山筆塵》，《讀書漫錄》《谷城山館集詩》等著作都是在這十多年裏完成的。於慎行明習典制。談古論今，無所不能。他在《谷山筆塵》裏記載的人物、兵刑、財賦、禮樂等等，都是有非常重要的史料價值。他記述的內閣大臣互相傾軋，腐敗等事都是他本人親身經歷的，都是有根有據的。
萬歷三十年，邢侗的父親邢如約去世。邢侗萬分悲痛，派弟弟去東阿找於慎行給父親寫傳，寫了壹篇《上谷城座師於宗伯》衰辭切切，刮心折骨，令人簌然淚下。“孤侗連歲所遭值荼毒極矣，刳心折骨幾不能自存。而以先大夫平生，先夫人賢德，不忍無傳埽，孤抆淚以不腆之言進焉，念吾師當朝鴻鉅，百代儒宗，壹語噓枯，足垂不朽……，又先大夫奉教席者且三十年，於世締足稱知己，使樽三錫， 於草茆，今則其泉下者此所用。死生肉骨，颙颙南鄉而百稽上，恩覬之，曹史者也。葬期太迫，誤以形家之言，為正諸不得改移，所於誌撰萬萬不能及時。鄉人之請庶幾可期，石大而字亦大，擬與顏魯公碑同制，千言上下，撮其大略足矣。欲及三月初旬付之，佳棗侈會賓也。遣弟代陳送之，血淚孤侗則於襄事後抵谷城，跪而膝席稱明思，憒憒不倫，仰惟尊慈照察。
於慎行與邢如約交往多年，他非常了解邢家的事情，他不光給邢如約寫了碑文還寫了《敕封監察禦史莊惠先生邢公畫像贊》，表達了自己對邢太公的敬仰。
萬歷三十三年，神宗下詔起用於慎行執掌詹事府，這個官職是負責皇後，太子生活起居的，沒有實際權力。於慎行又上疏辭官，神宗不許。於慎行又連續上疏辭官，再壹次回到東阿。這時，於慎行已經快六十歲了。第二年，於慎行又捎信給邢侗，約邢侗壹起去登泰山。於慎行壹生多次登岱，而且每次登岱都有記載，他的很多作品都是在登岱的路途中，或是回家以後創作的，於慎行登岱山似乎是在雄偉的山澗之中尋找靈感，每次登岱都有得意作品問世，他在《登泰山記》裏，對岱頂月色的精采描述道：“月出，羽人吹笙，和以歌音，極醉而返。山氣懍懍，枕席皆濕，不可以寐。出立壇上，月光熒熒，星鬥可拂。俯視萬壑，煙雲壹氣，茫茫正白，銀海玉波，不可辯識，道家所謂三宮空洞之天也。”描寫輕風渺渺，仙境若畫的美麗自然景觀。
邢侗在《歲暮東阿尊師邀遊東郭園亭即席漫賦》中寫道：“學士池亭傍谷城，山光畫面曉嵐生。幽棲欲下寥天鶴，倚杖如聞上苑鶯。檻外花香供酌酒，松間春籟入調笙。十年才到楊雄宅，歡極候芭更添情。”這壹次是邢侗陪思師最後壹次出遊。 萬歷三十二年，於慎行六十歲了，他的面容紅潤，心情愉快。在朝廷的再三召喚中，他終於寫完了自己的《谷城山堂詩草》。他來到臨邑對邢侗說：“此余平生所為韻語也，子其為我校之，紀之。”讓邢侗給他校對和寫序。邢侗愉快地為老師的詩稿進行校對。不久，是於慎行的六十大壽，於慎行的壹些門生們認為甲子壽不同尋常，必須隆重地慶賀壹番。他們肯求於慎行的兒子於紹元給邢侗送信，要求邢侗給於慎行寫六十壽序，於紹元寫信說：“諸生受於先生德厚甚深。知先生宜莫如足下，足下其為諸生飏言。”邢侗答應以後，剛剛過了十多天，東阿的報喜書又來了。緊接著，於慎行壽辰的介紹和東阿鄉紳、學校聯合推薦邢侗寫壽序的薦書接踵而至，聲稱要舉辦隆重的慶典，向邢侗表達了真誠的邀請。邢侗不敢推辭，連忙寫了《大宗伯尊師東阿於公六十壽序》，歌勞頌德，洋洋千文，對於慎行的功績進行贊揚。
明萬歷三十五年，朝廷公開推薦有聲望的大臣入內閣參贊軍國機務，於慎行因為德高望眾被推為第壹人選。神宗當即下詔於慎行以禮部尚書兼太子太保、東閣大學士，入內閣辦公，成為宰相。於慎行上疏辭官，神宗不準。於慎行上任之前專程來臨邑看望邢侗。於慎行隨車攜帶六十盆菊花。師徒相見，自然是格外親切，再者，於慎行這壹次復職是宰相，這也預示著邢侗也很快就要復職了。於慎行嘆道：“子是天下才，惜無人能識者”言外之意壹定要重新重用邢侗。邢侗則謙虛地說：“天下才子眾多，先生為國薦賢，不應該偏心自己的弟子，否則，天下人將稱先生私心。”於慎行聞言更加器重邢侗，評價邢侗的人品高尚。於慎行辭別邢侗回北京以後，邢侗揮毫寫下“谷城師輦至，黃花六十，色色俱足、仆報以家釀雪酒甘盛，”二十二個行書大字，記錄了恩師到臨邑來的這壹過程。 萬歷三十五年十壹月二十二日，於慎行不幸病故於任上，臨終前他寫了遺書和奏疏，安排軍國大計和推薦賢才。消息傳到臨邑以後，邢侗在震驚之余又悲痛萬分，他不顧自己身患懼怕寒冷的風濕疾病，騎馬前往潞河迎接恩師的靈柩，他在《又與黃撫臺》中記道：“侗於正月三日裹糧北首，十七日抵張灣，僑居蕭寺候谷城尊師還柩……”。在《與俞參加》中進壹步說：“不肖伴護先師還櫬，已抵東阿城矣。於長君迫在柩次。不肖原擬躬指，堂皇代長君有所丐請於賜壇之重，不意節旄尚在濟州，是用未敢以羈旅之蹤遠……”。邢侗迎接於慎行的靈柩以後，壹直護送到東阿，直到辦理完了恩師的喪事。
於慎行的不幸去世對邢侗的打擊非常大，辭官二十多年以來，邢侗連續遭受到喪妻失子、雙親病故，親姊病故的打擊。邢侗二十幾年來壹直是憂悶不樂，唯壹能讓他感到壹絲安慰的是經常能與恩師在壹起飲酒賦詩。萬萬沒想到敬愛的恩師才六十三歲就去世了，這個打擊讓他悲憤欲絕，萬念如焚。他用飽含著血淚寫的《先師谷城於文定公碑》文充滿了感情，讓讀者無不噓噓落淚。他寫的《祭東阿尊師於文定公文》更是郎郎上口，對於慎行的去世表達了無限的哀思。在東阿處理完恩師的後事以後，他回到臨邑又寫了《自東阿回祭文定尊師文》：“ 客冬送師綠灑恩州。今春迎師潞河素旒，我還我隨以抵故邱，皇輟孔殿閭嘆咿呦。孱侗相之惟禮是求，休陽福唐是屍厥謀。長君芃芃二連抗騶。我服加麻我懷日抽，臺兄建祠作計千秋。垂當復穿侗則疾郵。暫斯告還壹杯清流，師其鑒旃神彌六幽。
邢侗又給山東巡撫黃克贊寫信道：“先師文定公捐謝翟門之署，業自撤帷之辰，尊臺興言，舊雨豎誼千秋，爰有概於輔巨之重，特屬材官逆之境上，旌旗在前，弓弩在後，續食縣道，在所欽承高門之裔，生者、死者獲保於家，秋毫皆大賜矣。厝棺之夕，輟赗臨門……”邢侗為了辦理於慎行的喪事，壹直在東阿呆了壹個多月，其中五次給黃克纘寫信，請求黃克纘給於協助，每次都得到黃克纘圓滿的答復和資助。
於慎行的喪事辦的特別隆重，因為他是神宗皇帝的老師，各省的巡撫都派人前來吊唁。其中有八個行省的巡撫還寫了祭文或是贊文，八塊都由邢侗書寫上石的巨大石碑屹立在於慎行的墓前，成為百年不遇的盛事，受到天下人士的人贊嘆。
於慎行留世的作品眾多，其主要著作《谷山筆塵》、《讀史漫錄》、《谷城山館詩集》、《兗州府誌》等，於慎行曾長年在翰林院任職，以史書為已任，每與神宗講史，對成敗得失分析精辟，有理有據，深受神宗的信任。於慎行享年63歲，贈太子太保，謚文定。