在古醫籍排印本中，普遍存在的問題是妄改、刪節。古醫籍排印本壹般將底本加標點後（或用老式標點，或用新式標點）直接排印（或照搬原書版式排印或重新編排），或者加少許校註後排印出版；壹些排印本並不完全忠實於底本，直錄原文，整理者根據自己的理解，對原書進行改動，但卻未加任何說明，其改動、增補之處並不局限於個別字詞，有的篇章將篇名、正文、原按語均作了相應地改寫，在很大程度上已失去了原書舊貌。
在許多古醫籍排印本對原書作了不同程度的刪節，刪節內容大多是整理者自認為不科學、無價值的內容。事實上，這些內容未必真無學術價值。如《素問》“刺法論”、“本病論”兩篇久佚，宋初補上此兩篇，並加註文。金刻本尚載有此兩篇全文，故金元名醫對此兩篇經義多有發揮，對以後的運氣學說及刺法理論均產生了較大的影響。而後世刊本多不載此兩篇，或只載正文，刪去其道家色彩較濃的註文。歷次整理《素問》壹書也均對“遺篇”不甚留意，以至於今人對此兩篇內容，除了“正氣存內，邪不可幹”名句外，幾乎壹無所知（其實相當壹部分人並不知道此句名言出自《素問》遺篇）。近來個別學者已發現“遺篇”的學術價值，從不同角度加以闡發，為“遺篇”翻案，但人們已很難看到其全文。前人的教訓不能忘，希望今後在刪節之前，壹定要三思，給後人多留下壹些原始文獻。