隋朝時，楊上善將《內經》的《素問》《靈樞》合在壹起進行分類編排。這就是《黃帝內經太素》。由於該書《素問》的經文保存了王冰改動前的原貌，所以，具有很高的文獻價值。
唐朝時，王冰不僅將《素問》重新整理編次，刊正謬誤，而且還補入運氣七篇，並加以註釋。於是，《素問》開始以二十四卷本行世。
明朝時，馬蒔通註《內經》全書，即：《黃帝內經素問註證發微》《黃帝內經靈樞註證發微》。此時，將《內經》分類並註釋的，是張介賓的《類經》，全書***分12大類，390目，不僅註釋義理周詳，而且明白曉暢，因而，是現存全部類分(《素問》《靈樞》最完整的壹部書。
除以上註家與註本外，《黃帝內經》比較著名的註家與註本，還有元朝時滑壽所註的《讀素問鈔》，這是《素問》的摘要選註本。而《黃帝內經素問集註》《黃帝內經靈樞集註》這兩種註本，則是清朝時的張誌聰及其門人集體註釋。他們的註釋，不僅取其精華，厘正誤說，且有新意。