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〈再談戊戌政變—答汪榮祖〉，《大陸雜誌》77.5（1988）：1-7。
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〈拙著《戊戌變法史研究》的再檢討—並評介最近幾年國人研究戊戌政變法的成績〉，《中央研究院第二屆國際漢學會議論文集?明清與近代史組》（臺北：中央研究院，1989），下冊，頁729-768。
〈了解《論語》的方法—並簡論漢宋學派對《論語》的解釋〉，《清華大學學報》（哲學社會科學版）1.5（1990）：45-65。（1989.7.20在新竹清華大學人文社會學院演講稿）
〈論「傑士上書匯錄」所載康有為上光緒第六書第七書曾經光緒改易，並論康上光緒第五書確由總署遞上〉，《故宮學術季刊》9.1（1991）；亦載於《清史研究》1996.4。
〈康有為與戊戌變法—答汪榮祖〉，《大陸雜誌》86.3（1993）：1-23。
〈康有為與戊戌變法〉，《清史研究》1993.4：83-106。
〈劉著《尚書學史》讀記〉，《大陸雜誌》88.6（1994）：1-9；亦載於《中國典籍與文化論叢》第二輯（北京：中華書局，1995）。
〈讀杜預「春秋序」，幷論左傳原書的名稱〉，《大陸雜誌》88.1（1994）：1-3。
〈論譚嗣同獄中詩〉，鄔昆如等編，《譚嗣同先生學術研討會論文集》（臺北：中華仁學會，1995），頁1-10。
〈《大眾草書千字文》序〉，1995年7月22日。
〈論譚嗣同獄中詩—與孔祥吉先生商榷〉，《大陸雜誌》90.2（1995）：1-5。
〈戊戌變法與素王改制〉，《大陸雜誌》100.5（2000）：1-19。
〈釋“武成”月相，敬答張聞玉先生〉，《大陸雜誌》102.1（2001）：1-5。
〈論衣禮與商代周祭制度．上〉，《中國史研究》2002.1：11-49。
〈彭孟緝與高雄事件真相〉，鄭水萍編著，南方文史工作室、樹德科技大學古跡建築系編輯，《高雄研究學報（高雄研究研討會論文集）》（高雄：春暉出版社，2003），頁77-92。
〈再論彭孟緝與高雄事件真相（二稿）〉，「大高雄地區近百年文化變遷研討會」宣讀，2003.11.13。
〈林茂生之死考〉，《歷史月刊》193（2004）：135-146。
〈釋《春秋》左氏經傳所記魯國褅禮並釋《公羊傳》“五年而再殷祭”〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》75.4（2004）：699-743。
〈二二八高雄事件新考〉，《歷史月刊》229（2007）：72-74。
〈論《春秋》學的時代使命—並簡介我對春秋經傳禘給問題的研究〉（及後記），饒宗頤主編，《華學》第9、10輯第二冊，（上海：上海古籍出版社，2008），頁472-480。
〈讀侯坤宏先生新編《大溪檔案》〉，《檔案季刊》7.3（2008）：4-7。
〈〈論《春秋》學的時代使命—並簡介我對《春秋》經傳禘給問題的研究後記〉續記〉，《古今論衡》20（2010）：3-9。
〈讀茅著《從甲午到戊戌：康有為《我史》鑒註》—與茅海建先生商榷的信〉，《古今論衡》20（2010）：11-18。