所著《少室山房筆叢》是壹部以考據為主的筆記。全書*** 48卷，分為 12部分。其中《經籍會通》四卷論古來藏書存亡聚散之跡；《丹鉛新錄》專門駁斥楊慎考據的謬誤；《史書占畢》六卷是對史書及史事的評論；《藝林學山》品評文學遺產的優劣；《九流緒論》三卷考論諸子百家的源流；《四部正訛》四卷考證古籍偽書；《三墳補逸》二卷，論述《竹書紀年》、《逸周書》、《穆天子傳》所謂“三墳”之闕（汲冢遺書）；《二酉綴遺》三卷采掇古籍中奇聞怪事；《華陽博議》二卷雜述古人博聞強誌之事；《莊嶽委談》二卷廣泛論及社會雜事包括戲曲、小說等項；《玉壺遐覽》四卷和《雙樹幻鈔》分論道、佛二教。
胡應麟在明中葉以博學著稱，與楊慎、陳耀文、焦竑同負盛名。本書征引豐富，議論亦多高明，為研究古籍提供不少寶貴的資料和見解。其《四部正訛》中把古籍的偽書析為若幹種，各加辨訂，相當詳盡。後人談及偽書，常用此說。此書對文學研究也有壹些參考價值。書中論述小說、傳奇、雜劇部分，尤有參考價值。卷二十九裏關於小說分類的記述，可了解當時人們的小說觀，對認識小說的歷史演變頗有幫助。作者論述《世說新語》的特色是“以玄韻為宗”，認為“讀其語言，晉人面目氣韻，恍忽生動，而簡約玄淡，真致不窮，古今絕唱”，較有見地。卷三十四裏關於《逸周書》、《穆天子傳》的介紹，為追溯小說的濫觴提供了資料。卷三十六和卷三十七裏有關魏晉誌怪小說、唐宋傳奇及筆記的論述，其中分析六朝筆記小說與唐代傳奇的不同，“凡變異之談，盛於六朝，然多是傳錄舛訛，未必盡設幻語。至唐人乃作意好奇，假小說以寄筆端”，常為後世學人引用。卷四十壹裏有關於《三國誌演義》、《水滸傳》的評述。另外，《丹鉛新錄》、《藝林學山》兩部分對考辨詩文典故、詞曲名稱的來源、作家籍裏等均有助益。書中征引典籍，極其宏富。但也有不少舛偽疏誤之處。
《少室山房筆叢》初刊於明萬歷年間，通行本為清末廣雅書局刻本。今有：《少室山房筆叢》上海書店出版社2001年版；《少室山房筆叢》，中華書局，明清筆記叢刊，1964年版。