篤喜文史。嗜好收藏古籍，家富藏書，其“師石山房”、“快閣”藏書樓藏書超過6萬余卷。光緒八年（1882），據家藏圖書編成《師石山房書錄》31卷，著錄圖書3 279種。藏書印有“快閣”、“桐香書屋”、“快閣姚氏師石山房”等。
同治六年（1867），其父姚仰雲於揚州建造“師石山房”後，收藏大量古籍，令他以四部分類，厘訂書目，自此泛覽各家圖書目錄，潛心於文獻收集與整理，後遂專治目錄學。
光緒六年（1880），由“味經堂”書肆購得《汲古閣刻書目》，該目著錄簡要，雜糅無序，他仿四庫之例，補正闕佚，重編成《汲古閣刊書目》2卷。次年又編定《百宋壹廛書錄》、《湖北藝文誌》。目錄學功底極深。
光緒十五年至二十五年（1889～1899）間，盡十年之力，“自《七略》自輯佚，《漢誌》之疏補、《後漢》、《三國》之補誌、《隋誌》之考證，先後勒成專書”，有《七略別錄佚文》、《漢書藝文誌條理》10卷、《漢書藝文誌拾補》6卷、《後漢藝文誌》4卷、《三國藝文誌》4卷、《隋書經籍誌考證》52卷、《七略佚文》1卷。
他認為目錄學的任務是“辨章學術，剖析源流”，稱“目錄之學，言其粗，則臚列書名，略次時代；言其精，則六經傳註之得失，諸史記載之異同，子集之支分派別，各具淵源”。闡述目錄學必須運用考據學、校勘學、版本學知識與方法去研究。他的目錄學思想和在史誌目錄工作中所作的貢獻，增加了古典目錄學內容。
《清史稿》稱他“目錄之學，卓然大宗”。光緒二十七年(1901)手編以上7種目錄學著作，名《快閣師石山房叢書》，約200余萬言。