旗主是和滿洲八旗制度壹起誕生的。努爾哈赤建立八旗制度後，舉兩黃旗，貝勒人分六旗。比如大貝勒戴善有兩面紅旗，二貝勒阿敏有壹面藍旗，三貝勒曼古臺有壹面藍旗，四貝勒皇太極有壹面白旗，楚英之長子杜杜有壹面白旗。
此外，晚年努爾哈赤將自己的兩面黃旗分成四份，其中三份給了阿濟格、多爾袞、多多三兄弟。
也就是說，八旗制度建立之初，戴珊、阿敏、芒古臺、皇太極、杜杜、多爾袞是第壹旗主。皇太極繼位後，先後打壓阿敏、芒古臺等貝勒，剝奪其旗主地位。藍旗給了吉爾哈朗，藍旗給了長子豪格。兩個黃旗和兩個白旗互換了位置，使兩個黃旗成為皇帝親自率領的第壹個兩旗。
順治皇帝即位後，多爾袞被清算，白旗被帶入皇帝個人領。至此，兩黃旗和白旗成為皇帝個人領的上層三旗，其余為下層五旗。
順治時期，隨著開國國王的沒落，以後五旗的旗主人選也發生了變化，但基本都是原旗主的後代。嚴格來說，順治是最大的旗主，但因為他是皇帝，所以沒有旗主這個說法。
晉朝後期，旗主權力很大。八旗制度是集經濟、軍事、社會於壹體的組織，八旗主人對旗內事務擁有絕對的話語權。甚至可以認為八旗的主人有殺、奪其人員的權力，甚至努爾哈赤、皇太極也不能幹涉旗內事務。
旗主貝勒舉著壹面或兩面旗，意味著他掌握著軍權。這在努爾哈赤死後尤為明顯。皇太極繼位後，雖然名義上汗流浹背，但實際上還要看戴珊、阿敏、芒果臺的眼色行事。
這是皇太極繼位之初與三貝勒平起平坐的根本原因。此後，皇太極采取措施，攻打阿敏、莽庫爾臺、岱山，直到他稱帝後，才在壹定程度上集中了皇權。
清朝入關後，中原尚未安定，八旗軍仍是朝廷的絕對主力。八旗諸侯帶領本部官兵南征北戰，為清朝統壹中原立下了汗馬功勞。但與此同時，這些八旗主的權力與日俱增，不僅能左右國家大事，還能在壹定程度上制約皇權。
努爾哈赤時期到順治朝，是八旗主人權力最大的時期，下面的五旗也有能力與皇帝上面的三旗抗衡。
清初，八旗上馬治軍，下馬治國，而王會議政治為這些旗主提供了權力的溫床。順治皇帝臨終時，鑒於太子瑞多爾袞在位的弊端，留下索尼等四大臣為侍郎，將皇族諸侯排除在權力核心之外。
康熙初年，八旗地位雖受尊重，但遠離國事，逐漸邊緣化。康熙上臺後，對八旗制度進行了改革，對以後的五旗采取化整為零、逐個擊破的原則。康熙中期，隨著諸侯逐漸成年，康熙將這些年長的諸侯分成了下五旗。
八旗各旗的基本單位是魯牛。努爾哈赤時期，每個魯牛的人數是300人，五個魯牛組成壹個甲拉，五個甲拉組成壹個孤山(意為旗)。這樣壹面旗就有25牛的記錄。這是壹個粗略的數字。隨著八旗人口的成倍增加，魯牛的數量也在不斷擴大。
康熙把下五旗的牛錄拿出來，給了大皇子。比如正藍旗的10頭牛記錄分給了黃帝的第三個兒子，或者8頭鑲有紅旗的牛記錄分給了黃帝的第四個兒子。而且隨著年長的王子越來越多，壹面旗幟往往分發給幾個王子。康熙將太子分為下五旗，無形中削弱了原旗主的實力。
這樣，接下來的五個旗的每壹個旗中都存在幾個旗主。久而久之，旗主的舉報成了擺設，旗主的頭銜也迅速淡出了人們的視線。
為了更好地限制旗主的權力，康熙皇帝還改進了八旗的管理制度。關外期間，旗主是各旗的最高統帥，管理壹切旗務。但康熙以後，實際事務由總司令管理，旗主只是壹個名義上的頭銜。
在清朝的史料中，我們經常可以看到，比如鑲藍旗的滿清都督，正紅旗的蒙古都督。這些領導人實際上是各旗的首席執行官。旗主和太子雖然是名義上的主人，但不能詳細參與旗務。而統帥管理實際事務，卻沒有旗主之名，達到了相互牽制的作用。
雍正、乾隆兩朝進壹步采取措施限制旗主、將帥的權力，設置更多官員管理旗務。
從上面的介紹可以看出，乾隆以後，所謂的八旗旗主只是壹個偽命題。事實上，旗主的名字很少出現在八旗中。但由於八旗固有傳統的影響，很多旗手仍有旗主的觀念。當他們遇到前旗主及其家人時，往往被視為“大師”，但這位大師的影響力實在是少得可憐。