2.中國主要農業典籍整理研究(科技部主持，1999-2002)。
3、《中國農業遺產選集》(6卷)(國務院古籍整理組主持，2000-2006)。
4.中國大典林典森林培育與經營分冊(國家林業局副主編，2001-2003)
5.西部農業發展史(中國農業科學院科技基金資助，2001-2003)
6.西部農業發展的歷史反思(國家社會科學基金，2001-2004)
7.中國農業遺產信息數據庫(中國農業科學院科技專項基金資助，2002-2003)
8.中美農業科技交流與合作(教育部博士點基金資助，2002-2004年)
9.中國傳統農業科技數據庫建設(科技部主持，2003-2004)
10.美國農作物在中國的傳播與影響研究(國家社會科學基金資助，2003-2005)。
11，西南西北傳統農具搶救整理研究(南京市科技局專項，2005年)
12，西北地區傳統農具搶救整理研究(中國農業科學院科技專項，2005年)
13，中國農業科技遺產數字化保護與利用研究(科技部社會公益研究項目，主持，2006-2008)
14，中國傳統農業科技信息數據庫建設(科技部科技基礎工作專項，主持，2006-2007)
15，清代農業史，清代農業經濟科技資料長編(小麥、棉花、園藝、畜牧、蠶桑、漁業6冊) (戴毅主持國家社科重大項目)(2006-2007)。
16，國務院重大文化工程《中國大典農典》(副總編、水利分典主編)
17，民國時期農業科技教育投資研究(主持) (農業部)(2005-2007)
18，美國農作物在中國的傳播與影響研究(主持) (教育部)(2006-2009)
19，中國農業學會歷史(主持) (農業部、中國農業學會)(2008)
20、中國古代重大農業發明(中國農業學會，2009-2011)
21，江蘇農業文化遺產調查研究(江蘇省高校哲學社會科學基地重大招標項目)(2010-2013)
22.中國農業文化遺產評價指標體系研究(教育部科技基礎研究專項)(2010-2014)
23.中國農業系統發展史(農業部，2010-2012)
24.指南針計劃與農業(國家重大文化工程，2010-2015)
25.由“中國農業古籍集成”(國家古籍規劃出版領導小組重大項目，2011-2020)主辦。
26.明清方誌數據庫建設(教育部高等學校基礎科研業務費重大項目，2012-2014)
27.農業部清華大學農業研究中心重大項目，中國現代農業與農村變遷研究，清末民國農業數據庫建設(2012)。