明嘉靖十三年，明世宗命吏科左給事中陳侃為正使，行人司行人高澄為副使出使琉球國，該團由琉球使團陪行。歸國後的當年，陳侃為向皇上說明旅途見聞而撰寫了《使琉球錄》（1534年）壹書，書中記載了途經釣魚島的情形：“五月朔，予等至六石大舟。亦始，至二日，祭海登舟。九日，隱隱見壹小山，乃小琉球也。十日，南風甚迅，舟行如飛……過平嘉山（彭佳嶼），過釣魚嶼，過黃毛嶼，過赤嶼，目不暇接，壹晝夜兼三日之路。十壹日夕，見古米山，乃屬琉球者。夷人歌舞於舟，喜達於家。”這段話表明兩個意思，第壹，釣魚島是途經琉球的必經之路，早已為我國海圖所標記；第二，釣魚島屬於中國領土，因為“夷人”在過了釣魚島，“壹晝夜兼三日路”，看到“古米山”後，才開始因為快到家而高興起來。由此可見，釣魚嶼、黃毛嶼（黃尾嶼）、赤嶼（赤尾嶼）自古以來就不屬於琉球管轄。
戚繼光曾以釣魚島為戰略防線
在明嘉靖三十四年，因為倭寇頻繁襲擾我海防壹事，明世宗命時任兵部尚書楊博，負責派遣使者移諭日本國王，命其管束倭人，釋放掠虜的中國國民。楊博派出去的使者的名字叫鄭舜功，這是我國首次向日本正式派遣的“問責使”。
鄭舜功回國後把考察的日本國民風俗、自己所經歷的事情寫成名為《日本壹鑒》（1555年）的書籍，***計九卷，包括“萬裏長歌”、“滄海津鏡”和“天使紀程”三部分，其中關於臺灣、琉球及釣魚列島的重要記載，成為後世研究明朝嘉靖年間中、日、琉球以及中國臺灣的第壹手資料。書中“萬裏長歌”中明確記載了釣魚島屬於臺灣附屬島嶼：“取小東島之雞籠山，約至十更，取釣魚嶼。自梅花渡澎湖，之小東，至琉球，到日本，為昔陳給事中出使琉球時從其從人得此方程也。而澎湖島在泉海中，相去回頭百六十裏。”其中所謂“小東”指的是當時對臺灣島的稱謂，明確了臺灣、澎湖以及釣魚島為中國所有。
書中還尤其強調了釣魚島所屬臺灣島：“釣魚嶼，小東小嶼也”，即釣魚島是臺灣的附屬島嶼。之所以在這裏重點強調了釣魚島的所屬與位置，是與當時抗倭背景分不開的。那時，戚繼光抗倭曾以釣魚島為戰略防線遏制倭寇入侵。自此以後，釣魚島成為中國大陸抵抗倭寇入侵和海盜騷擾的重要前沿陣地。不論是明代鄭若曾繪制的“萬裏海疆圖”，以及他與浙江提督胡宗憲***同編纂的《籌海圖編》，還是後來茅元儀繪制出版的中國海防圖《武備誌·海防二·福建沿海山沙圖》和乾隆皇帝欽命繪制之《坤輿全圖》等，都標明了“釣魚嶼”、“黃尾山”和“赤嶼”為中國領土，並加以重點防禦。