神源於先天父母的本質。《靈樞本神》說:“生，謂之精，二精謂之神。”《靈樞天年》也說:“氣血調和了，榮與健相連了，五臟成了。如果妳放棄了妳的心和妳的靈魂，妳就會成為壹個人。”也就是說，生命是在父母懷孕形成後才產生的。這個神是出生前沒有被後天感染的神，所以應該簡稱為元神。正如《人生大全》所言:“父母精制之後，有壹點光...元從虛空中來，我是元神。”
申遠之所以在《丹道書》中詳細論述，是因為古代內丹家在修煉實踐中總結出來的。元神是先天的，又稱“元性”、“真理”。因為它不是思維(即心智活動)之神，所以表現得像個懵懂的嬰兒，有感覺，敏捷。在氣功狀態下，人處於壹種冷漠、虛無的狀態。此時，他們呼吸不斷，若留若死，無憂無慮，神情恍惚。這種狀態就是元神表現出來的。正如《黃婷外景》中的石鶴陽所言:“元神，他心中的意義，在他靜止的時候，是活的，是活潑的。”《脈表》說:“內思不可愛，外思不可愛，我獨，謂之元神。”《武學惠宗》說:“此神亦謂之性，亦謂之真義。他的心壹定是清明的，渾濁的，墮落的。沒有絲毫的思想和覺知，是空的，好像元神在裏面掛著。我覺得五蘊皆空，四體皆虛，我有真我。”其實《老子》說的“攜靈抱壹絕離，致力柔嬰，除玄觀之瑕，愛民治國，無為而治，開闔天門無女，明四才之愚”，正是對元神主宰的生命活動狀態的描述。
元神、知神、欲神之間是對立統壹的關系。“神，氣質；申遠，先天自然也”；“元性微妙而質化”(《清華秘笈》)。人在年輕、長、壯、老的過程中，越來越定性，越來越少元性，結果就想讓神來掩蓋元神，這就是“性情之性勝於原始人之性”；雜念若散於壇中，元神即退，雜念若除，元神即現。這就是“當妳不再想神的時候，妳移動它就會去”(《滋養真理集》)。壹般元神是後天神識所隱，夜之夢如雲遮月，所以元神隱退，常知神。如果能做到心平氣和，無所思無所想，知神自然會退，元神的真相就會顯現，這就是所謂的佛道之見。神以心為基，心不為則元神本性現，心為則欲神本性。所以張伯端說:“蓋心者，君主之位，無為者，為元神之動者、耳者；有事就做，動則欲，欲則剛。演員，日用之心；無為者，有仙丹之心”(《清化秘文》)。
申遠與漆瑗和景源關系密切。“申遠見之，生之以氣，申遠生之以氣，生之以精”(《清華秘文》)。內丹術特別註重元神的修煉，所以《金丹四百字序》說:“修神者，修元神者，非思之神也。”內丹本的主導思想是“返本”，所以要求控制由自然而得，由有而無，逐漸消除性情。只要“性情盡而無始見之，而後可以用之”；“若依原始人之性用之，則有先天之力之氣”；“先天之氣是有技巧的，在日常生活中經常使用，無非是本體，故先天之控，後天之無為，皆可用”(《清華秘文》)。從這個意義上說，氣功的靜的練習過程就是消除欲望、煉元神的過程，這也是氣功效果的關鍵。
有人從現代心理學的角度討論申遠。他們認為申遠是人的壹種無意識(潛意識)活動，但不是“無意識的意識”，而是與生俱來的“原始無意識”，具有明顯的自然屬性，不同於從後天的生活經驗(如心理定勢)中逐漸積累起來的無意識。它是個人強大而原始的內驅力來源。當鍛煉者進入氣功狀態時，意識活動暫停，於是所有監控和抑制原有無意識並使其無法活動的因素都不再起作用，這種無意識就能被充分激活。它不僅能快速激發體內的生理潛能，還能直接調節人體的臟腑經絡氣血陰陽，使之成為“陰陽秘”，從而使機體處於最佳的機能狀態，達到最佳的訓練效果。這就是申遠氣功理論的重要價值。