東南亞的地理位置具有特殊的意義。壹方面，它是亞洲緯度最低的地區，也是亞洲的赤道部分。另壹方面，它處於亞洲和澳大利亞的過渡地帶，這在氣候和生物上有明顯的反映；這個地區也是太平洋和印度洋的交匯處。這種地理位置使得東南亞地區氣候濕熱，形成郁郁蔥蔥的熱帶森林，這是這壹地區與其他地區的根本區別。東南亞在構造地形上可分為兩大單元，壹是相對穩定的印度馬來地塊，二是地殼變動活躍的新褶皺山脈。有赤道多雨氣候和熱帶季風氣候兩種類型，自然植被主要是熱帶雨林和熱帶季風森林。它可以分為兩個子區域。
印度支那半島
中南半島的地形結構比較特殊，山川縱橫，南北相間。半島基底相對較高，地形結構呈掌狀。氣候屬於大陸性熱帶季風氣候，馬來半島和中南半島多雨海岸為熱帶雨林景觀，而中南半島幹濕季為熱帶季雨林景觀，內部平原和降雨較少的山谷為熱帶草原景觀，中南半島底部為山地混交林。
東南亞島嶼地區
東南亞群島區，又稱馬來群島，包括大巽他群島、努沙登加拉群島、馬魯古群島和菲律賓群島等。高地地形破碎，地處太平洋火山地震帶和地中海-喜馬拉雅造山帶的匯聚帶，火山和地震活動十分強烈。大巽他群島屬於赤道海洋性多雨氣候。菲律賓群島屬海洋性熱帶季風氣候，主要是熱帶雨林景觀。