《桐君采藥錄》——這應當是本書的全稱。此書名可見於：南北朝·梁·陶弘景的《神農本草經集註》序（陶弘景《本草經集註·序錄》，據1955年群聯出版社影印本）、《藥總訣》（見：《金陵從書·乙集》）及《輔行訣用藥法要》（陶弘景《輔行訣臟腑用藥法要》，據1998年江蘇古籍出版社《敦煌醫藥文獻輯校》影印本）三書中。又可見於《隋書·經籍誌·子部·醫方》及明·李時珍《本草綱目》中。 《桐君藥錄》——這是本書的簡稱之壹。此書名可見於：陶弘景《神農本草經集註》“槁本”條註文（見：《重修政和經史證類備用本草》卷八“槁本”條引陶隱居（弘景）氏註文）、《舊唐書·經籍誌·醫術》、《新唐書·藝文誌·醫術類》、《通誌·藝文略·醫方類》、《玉海》卷六十三、《鉅宋文韻》、《日本國見在書目錄·醫方家》、《嚴州府誌》、《桐廬縣誌》等書中。
《桐君錄》——這是本書的另壹簡稱。此書名可見於《本草抄義》及《太平禦覽》卷八六七（均所引佚文）。
《采藥錄》——這是省去“桐君”二字的書名簡稱。見於《古今醫統》和《東醫寶鑒》卷壹“歷代醫方”。
《桐君》——這是以人名代書名。見於《醫心方》卷十“治諸瘺方第十六”據《小品方》佚文轉引。 《藥錄》——這是古籍引用本書佚文時最頻繁應用的簡稱。主要散見於《證類本草》壹書中。