在矩陣中生活的壹名年輕的網絡黑客尼奧發現，看似正常的現實世界實際上似乎被某種力量控制著，尼奧便在網絡上調查此事。而在現實中生活的人類反抗組織的船長莫菲斯也壹直在矩陣中尋找傳說的救世主，就這樣在人類反抗組織成員崔妮蒂的指引下，兩人見面了，尼奧也在莫菲斯的指引下，回到了真正的現實中，逃離了矩陣,這才了解到，原來他壹直活在虛擬世界當中，真正的歷史是，在20XX年，人類發明了AI(人工智能)，然後機械人叛變，與人類爆發戰爭，人類節節敗退，迫不得已的情況下，把整個天空布滿了烏雲，以切斷機械人的能源(太陽能)，誰知機械人又開發出了新的能源---生物能源，就是利用基因工程，人工制造人類，然後把他們接上矩陣，讓他們在虛擬世界中生存，以獲得多余的能量，尼奧就是其中壹個。尼奧知道後，也加入了人類反抗組織，在莫菲斯訓練下，漸漸成為了壹名厲害的“黑客”，並漸漸展露出，與其他黑客的不同之處，讓莫菲斯也更加肯定他就是救世主，就在這個時候，人類反抗組織出現了叛徒，莫菲斯被捕，尼奧救出了莫菲斯，但在逃跑過程中，被矩陣的“殺毒軟件”特工殺死，結果反而讓尼奧得到了新的力量，並復活了，真正的成為了救世主，並把在矩陣無所不能的特工殺死了（刪除了） 從此，人類與機械的戰爭，進入了壹個新的時代。
第二部
上回說到尼奧終於意識到自己的能力和使命，在中彈“復活”的同時，他也變成了無所不能“救世主”。結尾的“飛升”象征著人類超級英雄的誕生：尼奧將帶領錫安基地的人民，打響對機器世界的反擊戰，並將以勝利者的姿態結束這場戰鬥，還人類以自由之身。他的使命會實現嗎？母體會那麽甘心被摧毀嗎？ 實際上，整個是尼奧探尋自己使命背後真相的過程，他要為自己的行動尋找壹個可以接受的理由。在上集打敗密探史密斯、救出墨菲斯之後，尼奧隨同親密愛人崔尼蒂和其他戰友壹起，乘坐Nebuchadnezzar號飛船返回地球上最後壹個人類據點——錫安基地。在那裏，他們和其他自由戰士們聚集到了壹起，其中包括墨菲斯的甜蜜冤家——奈奧比美眉。另外，基地的政治家們也上場了。 就在這時，母體系統決定“先下手為強”，派遣了為數250000的電子烏賊大軍，開始進攻錫安基地，微弱的基地防守力量根本不足以對抗如此強大的機甲兵團，看來人類最後的香火也岌岌可危；當然，墨菲斯他們的飛船上有各種各樣的資料，自然少不了中國那幾本名為《左傳》《史記》之類古籍的電子版本，尼奧他們壹下便想到了“圍魏救趙”的良招，決定再次潛入母體，從內部破壞它，最後達到消滅機甲兵團的目的。同時，尼奧也想再和“先知”談壹談，以便更多地了解自己的神聖使命。 可是，“母體取經”的道路註定是兇險多端的：在尋找母體系統內唯壹知道系統弱點的“制鑰者”的過程中，NEO、墨菲斯和翠尼蒂遇到了前所未有的困難：敵人的能力升級了，數量更是增多了，尼奧的超能力受到致命的挑戰，墨菲斯和翠尼蒂對NEO的信心也受到無情事實的打擊。究竟尼奧他們能不能完成任務後從母體內部全身而退？錫安基地的命運如何？
第三部
面對如潮的電子烏賊，人類城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲與入侵者決壹死戰。此時，“救世主”尼奧的身體和思想卻意外分離，後者再度陷入到“母體”中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不回到“母體”和守護天使壹起尋找他。 錫安的局勢越來越危險，機器的攻擊卻絲毫沒有因為人類的反抗而減弱。此時，被叛徒射瞎雙眼的尼奧，依然想通過希望去實現預言。這時，特工史密斯控制了先知，並變得越來越強大，威脅到了整個"母體"的穩定。在返回錫安的途中，飛船遭到電子烏賊的突襲，崔妮蒂死了，重傷的尼奧來到機器城市。 在和機器的談判中，機器答應為了人類和機器的***同利益，尼奧去消滅史密斯，而機器不再摧毀錫安。人類迎來新的和平。