2012山東大學高等儒學研究院由原高等儒學研究院、儒學研究中心、文史哲研究所、文史哲編輯部整合而成。保留了文史哲學院的名稱。原文史哲研究所成立於2002年，由原文史哲研究所(成立於1978)、古籍整理研究所(成立於1983)、民俗學研究所(成立於1985)合並而成。前儒學研究中心成立於2005年。原儒學高等研究院成立於2010。文史哲成立於1951。上述機構作為儒家思想的源頭和組成部分，具有相同的人文學術底蘊和深厚的學術基礎。曾在我院前身機構任職的知名學者有:華崗、吳福恒、楊向奎、肖滌非、王、關德東、、王紹增、、葛茂春、丁冠之、董。
儒學高等研究院是壹所以經學為重點、以儒學為特色的綜合性人文研究機構，同時致力於本科生、碩士生和博士生的培養。目前有中國哲學研究所、中國歷史研究所、中國文學研究所、經典小學研究所、古典文學研究所、民俗學研究所。現任行長許嘉璐，執行行長王學典，黨委書記李平生，副行長顏炳剛、王家華、許慶文、王鎮，黨委副書記李鵬程。