萬壽寺始建於唐朝，稱聚瑟寺。明萬歷五年（1577年）重修，萬歷皇帝之母慈聖李太後出資，司禮監馮保督建而成，改名萬壽寺，成為皇家寺廟。主要用做藏經卷，後經板、經卷移至番經廠和漢經廠，萬壽寺便成為明代帝後遊西湖（昆明湖）途中用膳和小憩的行宮。清朝時又經幾次重修擴建，西路於乾隆朝時改為行宮，遂成為規模宏大的皇家重寺。清乾隆十六年和二十六年，清高宗弘歷曾兩次在這裏為其母祝壽。清光緒二十年（1894年），慈禧太後重修萬壽寺行宮，在西跨院增修了千佛閣和梳妝樓，形成最後格局。當年，慈禧往來於頤和園與紫禁城之間，都要在萬壽寺拈香禮佛，在西跨院行宮吃茶點，故有小寧壽宮之稱。1934年前後，萬壽寺的前部曾辟為東北難民子弟學校。1985年，中路辟為北京藝術博物館。
萬壽寺深庭廣廈，瓊樓玉宇，雕梁畫棟，極其宏麗。其間曲欄回廊，禦書碑亭，青石假山，古道地宮，蒼松翠柏錯落有致，占地三萬余平方米。寺內分東、中、西三路。中路為主體建築，山門以內***七進院落，向北依次為天王殿、大雄寶殿（即大延壽殿）、萬壽閣、大禪堂、禦碑亭、無量壽佛殿、萬壽樓等，各殿兩側有配殿配房。東路為方丈院和圃園，即僧人生活區。西路在乾隆年間改為行宮院。
寺廟前，長河奔流，舊時設有碼頭。每當春末夏初，帝王太後從紫禁城走水路到頤和園避暑，均在此駐蹕下船稍事休息。
萬壽寺山門上方，有清順治二年禦賜的石匾，上書“敕建護國萬壽寺”。山門兩側的卡子墻、撇山影壁的磚雕，構圖精細，為不可多得之藝術精品。兩側齊胸高的宇墻虎皮底座，朱墻白頂，色彩分明。
進得山門，便是天王殿。殿前左鐘樓，右鼓樓。素有“鐘王”之稱的永樂大鐘曾懸掛於此。乾隆八年，移至覺生寺（即大鐘寺）。過天王殿是大雄寶殿，內有三世佛、十八羅漢、倒座觀音泥塑像。兩側金柱上，有乾隆帝所書楹聯：“戒慧光中煙雲皆般若；清涼界外花石盡真如。”清大太監李蓮英為了恭維慈禧，特意命人制作了壹個面似慈禧的觀音像，慈禧的“老佛爺”之名由此而得。現在，此座觀音像還擺放在三世佛像的後邊。
正殿之後的萬壽閣是近年重修的，原閣於民國年間毀於火災。閣後的大禪堂，為主持講經說法之地。堂後假山疊石，松柏蒼勁，皆為數百年之物。大禪堂後為最後壹進院落，內有壹片假山，象征普陀、峨眉、清涼佛教三山，山上有三大士殿，正殿為觀音，左為文殊，右為普賢。山後有兩株古銀杏樹分立兩旁，飽經滄桑的虬幹枝葉高聳入雲。其後還有乾隆禦碑亭、無量壽佛殿、光緒禦碑亭、千佛閣等。無量佛殿兩側原有洋式門兩座，建於清乾隆年間，與圓明園之西洋樓同齡，皆為中西結合之產物。隔門與西路的爬山遊廊和亭閣相連，亦與東路長滿樹木的土山相通。
西路是行宮部分，為清乾隆年間修建，靠前部分有四小院落，被中間夾道壹分為二。左為壽膳房，右為壽茶房，其後是皇帝、太後駐蹕之行殿。行殿之後兩側有爬山遊廊，通過小亭到後樓。相傳，清末慈禧太後曾於此梳妝，故稱“梳妝樓”。再後有大悲殿及配殿，院中有壹井亭，是專為皇帝講經之所。東路是方丈院。前部有大齋堂，大廚房及僧舍，中為齋堂、前宇、南房，齋堂之後為土山，最後是獨院。
北京藝術博物館是壹座綜合性藝術博物館，“藏身”於這座著名的古剎內。現收藏各類古代藝術品近五萬件，時代上起原始社會，下迄明清，尤以明清時期蔚為大觀。藏品門類廣泛，主要包括歷代書法和繪畫、碑帖及名人書劄，宮廷織繡、宮室瓷器、古代家具、歷代錢幣及璽印等。其它如青銅器、玉石器、竹木牙角器、佛造像、鼻煙壺等，不勝枚舉。字畫有齊白石、張大千、徐悲鴻等代大師的傳世之作。藝術館還收藏了上自宋代下至民國的古籍圖書十余萬冊。