然而，這種關於壹元論起源的正統歷史觀在20世紀初受到了挑戰。首先，梁啟超以進化論為思想武器，也受到了馬克思主義的啟發。1902年出版《新史學》，提出以帝王為中心的舊史學要被研究社會和民族人口演變並得出其“公理”的新史學所取代。1906年發表《中國歷史上的民族觀察》，稱漢族為“中華民族”，“中華民族”為中國各民族的統稱。他指出，“今天的中華民族，從壹開始就不是壹個民族，實際上是大多數民族的混合體”，而其他“中國民族”如苗蠻、百越、白普等“從壹開始就想生活在中國”。後來在1922年出版了《中國歷史上的民族研究》，對漢、蒙、突厥等民族有了初步的記述。今天我們看到梁的研究只是提出了壹些問題，不可避免地受到大漢族主義正統觀的影響。然而，在20世紀初，敢於否認漢族的單壹來源，斷言它是大多數民族的混合，這是對中華民族壹元起源的正統觀點的大膽挑戰。
另壹派是顧頡剛的古史辨派。1923年，顧發表《與錢先生談古史》壹文，提出“積而成古史觀”。1923年發表了《致劉先生(陳皮)和胡先生(紫羅蘭)的壹封信》，進壹步明確了這種古史觀，而“1。民族團結的概念”，“2。地區統壹的概念”，“3。古代歷史文化的概念”和“4。古代的黃金。這是壹場學術討論，在20世紀20-40年代的中國歷史學家中發揮了廣泛的作用。在學術上，顧直接受到了、姚紀恒辨偽理論的影響；在思想和研究方法上，主要受到了梁啟超、錢、胡適、王國維的影響，同時也受到了《新青年》和五四運動的啟發。他說，“如果我不來北大，或者如果健民先生(蔡元培)等人不為學界立下風氣”，“如果我不符合《新青年》思想革命的倡導，我胸中有許多打破傳統理論的見解，不敢大膽宣布”(《古代史辨》第壹卷序言)。此後，他又在《古代史分析》第四卷序言中指出:“我自己決不反對歷史唯物主義...對於古代思想和制度的研究，不應以唯物史觀為基本概念。"
當然，“積累導致的古代史觀”涉及的內容非常廣泛。古史派的壹些結論和方法懷疑古代，批判甚至否定先秦古籍，但其對打破中華民族壹元論的起源的影響是顯而易見的。
古史及相關文獻的態度與古史家截然不同。然而，孟在1927中寫的《古史》,也不相信中華民族只有壹個源頭。他認為中國古代民族可分為江漢、海岱、河洛，部落、姓氏、地域不同，經濟文化各有特點。孟的“三線說”與許1943出版的《中國古代史傳奇時代》相呼應。徐總結說，古代中國大致可以分為三個集團:華夏，東夷和苗蠻。這三個群體相互鬥爭，然後和平，最後完全同化，逐漸形成了後來的漢族。他說:“戰國秦漢時期的人自稱華夏是不對的。他們其實是華夏、東夷、妙曼的混合體。我們經常自稱‘中國人’，但這個詞不能代表我們。不得不說，能代表所有舊漢人(很清楚今天的漢人是多民族雜居的)《中國古代史傳奇時代》的是、顏、黃。這本書壹出版，就受到了極大的關註。因其篇幅龐大，自成壹體，確實促進了中華民族特別是漢族起源的研究。
此外，在20世紀二、四十年代，還出版了各種綜合性的中國民族史，其中林主編的《中國民族史》(商務印書館，1936)對中國歷史文獻、當時的考古材料、民族學等研究成果進行了全面系統的研究，對華夏漢族及其他中國民族的起源和形成作了全面的闡述。
雖然上述學派並非以歷史唯物主義為指導，但其中壹些學派直接或間接地受到了歷史唯物主義的啟發，李大釗在向中國介紹馬克思主義革命理論的同時，也十分重視在歷史唯物主義指導下建立馬克思主義新史學的工作。後來，郭沫若把歷史唯物主義運用於甲骨文、金文的整理和研究，從而寫出了《中國古代社會、青銅時代、奴隸制時代研究》、《甲骨文研究》、《甲骨文全集》、《金文二周考辨》等壹系列巨著，為中國從原始社會、奴隸社會到封建社會的發展建立了學術體系。今天，它似乎具有中國馬克思主義史學早期形態的特征。然而，在20世紀30年代和40年代，這是中國史學的壹場真正的革命。我國其他當代馬克思主義史學家和民族學家，在中國各民族起源和中華文明起源的整體研究上，做了大量開拓性的工作，使新中國的民族史在正確的方向上繼續發展，並有了良好的基礎。80年代以前主要是民族史研究，後來有了全面的研究勢頭。費孝通的《中華民族多元壹體格局》從中華民族多元起源、核心漢族的產生、各少數民族的發展等角度，論證了中華民族多元壹體格局的形成過程，並指出:“其主流是由於許多分散孤立的民族單位經過接觸、混合、聯合、融合而分裂消亡，同時形成了壹個妳來我往、我去妳來、我中有妳的格局。”(《中華民族多元壹體格局》，1頁，中央民族大學出版社，1989)費的這壹提法，將在唯物史觀的指導下，進壹步把我們對中華文明和中華民族起源的研究提高到壹個新的水平。