神話是古代人類經驗的升華，最離奇的神話也有壹定的現實基礎。何新通過對古文字學、氣象學、考古學的研究，認為龍鳳神話在中國古代有其真實的動物原型，即中國古代就有但在周秦以後滅絕的兩種動物？鱷魚和鴕鳥。
鱷魚是古代壹種兇猛的巨鱷，能吞吃虎豹。成蟲可達10至11米，壽命數百年。它曾廣泛分布於南海、東海、渤海、黃河中下遊和江淮流域。在嶺南，直到晚唐還存在。由於海灣中的鱷魚體型巨大，兇猛無比，遠古的祖先自然對其心生畏懼，於是產生了各種傳說。在古代神話中，比如[w m: ng Li m: ng]和饕餮[tāo ti？], 集集(xi？zh？)，尚羊，蛇修等妖怪也與灣鱷有關。
鴕鳥化石的發掘證明，鴕鳥曾經大量生活在古代中國的北方土地上；內蒙古陰山、狼山地區史前原始巖畫中的鳳凰，在動物特征上與鴕鳥十分相似。鴕鳥身高7-9英尺，符合傳說中的鳳凰形狀？六英尺高？記錄(見《爾雅？鳥的放生)，它被視為鳥中之王，這顯然是有道理的；鴕鳥能聽到音樂，交配前，公母共舞，這就是傳說？唱歌跳舞？五顏六色的鳥。
鱷魚和鴕鳥適合高溫的生態環境。8000年至5500年前，中國北方氣候溫和，雨量充沛，沼澤眾多，林莽茂密，猶如長江以南的日本，為鱷魚和鴕鳥提供了有利的生存條件。周秦以後，中國大陸的自然生態和人文地理環境發生了很大的變化，氣候寒冷，湖沼減少，草原萎縮，森林砍伐，造就了龍？中國的鱷魚趨於滅絕，而鳳凰呢？鴕鳥已經完全滅絕了。
孔子臨終前，為自己壹生沒有見到龍鳳而惋惜，感嘆:？如果鳳鳥不來，龍不來，我就這樣走了！？正是因為中國古代鱷魚和鴕鳥的稀少甚至消失，這兩種自然動物才逐漸成為後代？神化？它變成了壹只神秘的龍鳳，象征著皇帝和皇後至高無上的權威和尊嚴。