在工作中，她充滿激情和樂趣，工作的艱辛總是以另壹種方式在她的筆下呈現。
她在日記中這樣描述自己進入羅布泊的經歷:“晚上露營的時候，帳篷都綁在車上，我就在帳篷裏過了壹夜，風持續了壹夜。吹口哨的聲音像山壹樣搖晃。車身不停的搖晃，我真的很擔心風會把車吹走。第二天早上起來，大家面面相覷，都忍不住笑了。進入羅布泊的沙漠，每個人臉上都是灰沙，每個人都像‘土地爺’。由於缺水，我們很快學會了用沙子洗手、腳和臉，甚至用沙子洗碗。真的很有意思。”為了尋找《水經註》中記載的失蹤的“龍城”，考察隊在羅布泊北端的鐵板河灣逗留了4天。經過考察，很清楚“龍城”原本是古人對羅布泊北端這片有著許多土梯田和土墻的奇特“丫蛋”地貌的壹種形象依戀。在這裏，他們出土了壹座無蓋古墓，這就是當時轟動世界的“古樓蘭之美”的發現。探險隊到達了孔雀河北岸，向西直抵樓蘭。因為車堵，隊員們跟著駱駝開始往樓蘭方向走。16日傍晚，考察隊終於看到了樓蘭古城僅存的佛塔。當時隊員們激動得流下了眼淚。“中國遠征考古隊首次成功進入樓蘭！”大家歡呼雀躍，忘記了長途跋涉的艱辛。古樓蘭市位於羅布泊西岸壹片茂密的“丫蛋”地形中，占地面積約10.8萬平方米。穆舜英等人在城內逗留了壹周，考察了最高舍利城東的壹座佛塔和城外數公裏處的另壹座佛塔，考察了城內最顯眼的建築遺跡“三間房”(經考證為樓蘭高層官員所在地)，以及西部和南部貧富不同的居民區遺址， 並發現了壹處由東向西穿城引水的古河道遺址，大量古代文物和中國木簡、文獻及(魏晉筆記)羅布泊考察後，穆舜英利用參加國際學術研討會的機會，考察了喀喇昆侖巴基斯坦壹側、法國中西部舊石器時代原始文化遺址和巨石文化、米蘭和威尼斯古文化、哈薩克斯坦的紮姆布爾和塔什幹等眾多古代遺跡。
她發表了大量的學術論文，編撰了多部學術著作，如《神秘的古城——樓蘭》、《吐魯番出土文獻》(本書獲全國古籍整理壹等獎圖書)等。