北京大學考古文博學院是同中國考古學壹同成長的。這意味著要了解它就離不開中國的考古學史。同其他近代學術壹樣，中國近代考古學也是來自西方。近現代考古學在我國的誕生有著深刻的歷史背景，甚至是同整個國家民族的命運緊密聯系的。它是在20世紀初中國國家、民族和歷史三重危機下出現的。
19世紀末20世紀初，歐美探險家、學者在西北的考察活動以及日本探險家、學者在中國的考古、探險乃至盜掘活動頻仍。這些活動不僅展現了沈寂多年的壹個世界，更重要的是挖掘了中國人的民族情感。在這樣的大背景之下，借助20世紀初期國內的“三大發現”——即殷墟甲骨文、敦煌藏經洞、明清大內檔案的發現，國內的壹些學者也開始加入近代考古學研究的行列。20世紀20年代，以田野考古為標誌的近代考古學傳入我國。早期的考古工作便集中在河南安陽殷墟（1928—1937），由此開始了利用考古學重建中國古史的歷程，這是現代中國考古學的開端。殷墟的第壹次發掘由甲骨文學家董作賓先生(1895—1963)主持，從第二次開始轉由畢業自哈佛大學人類學系的李濟先生主持。後轉由在哈佛大學受過考古學系統訓練的梁思永先生主持。梁思永先生改進了田野發掘的組織和方法，奠定了早期中國考古學田野發掘工作的專業性方向。
在這種時代背景之下，考古學成為當時中國學術界矚目的焦點，並深深地撞擊著民眾的魂靈。而諸多的考古實踐，也催生了中國高等院校的考古專業。最初成立的兩個高校考古教學研究機構是：北京大學國學門的考古學研究室與清華大學研究院國學科。後者成立於1925年，前後僅存4年。可以說是北京大學考古專業前身的北京大學研究所國學門成立於1921年底，後改名文科研究所（圖01），雖說也僅存在了四五年，但它卻稱得上是中國近現代最早建立並成功運作的人文學術研究機構。國學門的體制，從組織結構看，包括三室五會。“三室”謂登錄室、研究室和編輯室，“五會”即歌謠研究會、明清史料整理會、考古學會、風俗調查會和方言研究會。其中考古學研究室可以說便是今天北京大學考古文博學院的前身。著名金石學家馬衡先生為該室第壹任主任，該研究室還外聘羅振玉（1865—1940）、法國東方學家伯希和（1878—1945）等著名學者為考古學通信導師，並積極主動尋求與國外考古學術界的合作，影響深遠。馬衡先生也因對中國考古學由金石考證向田野發掘過渡有促進之功，被譽為中國近代考古學的前驅。
考古學會則成立於1923年5月24日，初名古跡古物調查會，由馬衡先生擔任會長，參加者有葉瀚、李宗侗、陳萬裏、沈兼士、容庚、陳垣、李石曾、徐炳昶等人。考古學會計劃從調查入手，“並為發掘與保存之預備”。其主要活動有參觀朝鮮漢樂浪郡古墓發掘、調查大宮山明代古跡、洛陽北邙山出土文物以及甘肅敦煌古跡等。1927年，北大考古學會與瑞典斯文赫定聯合組成“中瑞西北科學考察團”，北大教務長徐丙昶任中方團長，中方團員黃文弼等10人均為北大師生（圖02）。此次科學考察受到當時社會的普遍贊譽，中國政府為紀念中國人首次考察大西北還特地發行紀念郵票壹套（4枚）。中國西北科學考察團對中國學術界影響深刻，成就了壹批傑出的中國考古學家。
1934年，因馬衡先生出任故宮博物院院長，改由胡適先生（1891—1962）兼任考古學室主任。1946年北京大學由於日本侵華而南遷8年之後返京，成立了以向達先生（1900—1966）為主任的文科研究所古器物整理室，聘梁思永、裴文中先生（1904—1982）為導師，開始招收考古研究生。北大考古的專業規劃也得以逐步完善和穩步拓展。
1952年，在文化部和中國科學院的積極支持下，我國高等院校中成立的第壹個考古學專業——北京大學歷史系考古專業正式設立，由著名考古學家蘇秉琦先生（1909—1999）任考古教研室主任，聘請文學史家鄭振鐸（1898—1958）、著名考古學家裴文中（1904—1982）、夏鼐（1910—1985）、郭寶鈞（1893—1971）以及著名民族學家、人類學家和社會學家林耀華（1910—2000）等諸先生為兼任教授（圖03）。
2007年，考古文博學院又根據考古學發展的現狀和趨勢，進壹步調整學科，下設考古學系、文化遺產學系，另設信息資料中心。其中考古學系下分5個教研室，它們是舊石器考古教研室、新石器商周教研室、歷史時期考古教研室、科技考古教研室以及外國考古教研室，從而使得我院的考古學學科體系更為健全和完整。
北大考古雖然承載著厚重的學科傳統，但也夕惕若厲，適時調整學科設置。文化遺產學便是壹門新興的學科，它是對文化遺產本體及其相關成立背景進行發現、界定和價值評估，並在以上研究的基礎上開展保護與利用，達成文化遺產的有效保護與社會和諧可持續發展雙贏的綜合性學科。現我院文化遺產學系下分3個教研室，分別是博物館學教研室、古代建築教研室和文物保護教研室。
從上面的敘述可知，北大考古的歷史和中國考古學的歷史幾乎同樣久遠。考古專業成立以來，幾代學者篳路藍縷，艱苦奮鬥，勵精圖治，將專業發展壯大成今天的基礎設施完整、學科覆蓋面寬、教研力量雄厚的考古文博學院，為中國考古學術事業的發展，培養了大批優秀專業人才，做出了重大貢獻。