1、出版內容不同：中醫古籍出版社主要出版中醫古籍和相關的醫學書籍，而科學文獻技術出版社可能會出版科技文獻、技術書籍以及相關的學術書籍等。
2、專業性不同：中醫古籍出版社具有深厚的中醫學術背景，其出版的書籍具有較高的專業性和權威性；而科學文獻技術出版社的專業性可能更多地體現在科技文獻和技術書籍的出版上。