館藏文物十分豐富，有古陶瓷、青銅器、徽墨、古硯、書畫、三雕、竹編、刺繡等歷代文物14000余件，古籍5萬余冊，契約28000萬份，曾編有《徽州資料古籍書目》、《館藏家譜綜合目錄》、《徽古籍刻工姓名錄》等資料且具有徽州特色的綜合性藝術性博物館----黃山市博物館。
由於明清兩代徽商的極度繁榮，所以徽州又稱“文物之海”。因得地利之優，黃山市博物館館藏極為豐富，收藏有陶瓷、硯臺、徽墨、書畫、徽派三雕、青銅器、玉器、雜項、古籍圖書、徽州文書等各種文物近10萬件（冊），是我市最大的綜合性博物館，也是安徽省第二大博物館。館藏的歙硯、徽墨、新安書畫、徽州文獻是我館的特色藏品。其中宋墓出土的“文府墨”更是我國墨業的執牛耳者，館藏的徽州文書成為研究徽學這壹國際性顯學的重要資料，也引起世界範圍內的徽學專家的關註。