2010年底，學校順利通過教育部中醫學專業試點認證。
截至2013年10月，學校有中醫學、中西醫結合2個博士學位授權壹級學科，有15個博士學位授權點，有臨床醫學、中醫學、中西醫結合、護理學、藥學、中藥學6個碩士學位授權壹級學科，有42個碩士學位授權點，有中醫學、七年制中醫學、針灸推拿學、中西醫臨床醫學、臨床醫學、藥學、中藥學、藥物制劑、制藥工程、市場營銷、護理學、公***事業管理、醫學影像學（醫學影像技術）、食品科學與工程、生物醫學工程、康復治療學、信息管理與信息系統、醫學實驗技術、醫學檢驗技術等19個本科專業及方向。
截至2013年4月，學校有福建省重點學科7個：中西醫結合、護理學、康復醫學、臨床醫學、藥學、中藥學、中醫學 ；福建省特色重點學科2個：中西醫結合、臨床醫學（康復醫學方向） ；截至2010年11月23日 ，學校有福建省國家重點學科培育建設學科1個：中西醫結合臨床。 福建中醫藥大學國家中醫藥管理局重點學科（截至2011年3月） 傷寒學中醫文獻學 方劑學 中醫診斷學 中醫脾胃病學 中醫骨傷科學 中醫康復學 中醫護理學 針灸學 中藥化學中西醫結合臨床 內經學 中醫急診學中醫養生學 推拿學中藥分析學 臨床中藥學 中西醫結合基礎 中醫心理學 中醫預防醫學 院系設置
福建中醫藥大學中醫學院、福建中醫藥大學中西醫結合學院、福建中醫藥大學藥學院、福建中醫藥大學骨傷學院、福建中醫藥大學針灸學院、福建中醫藥大學管理學院、福建中醫藥大學思想政治理論課教學科研部、福建中醫藥大學護理學院、福建中醫藥大學體育部、福建中醫藥大學康復醫學院、福建中醫藥大學海外教育學院、福建中醫藥大學成人教育學院、福建中醫藥大學第壹臨床醫學院、福建中醫藥大學第二臨床醫學院、福建中醫藥大學第三臨床醫學院 、福建中醫藥大學海外教育學院、福建中醫藥大學繼續教育學院、福建中醫藥大學成人教育學院
相關機構
福建中醫藥大學教育發展基金會、福建中醫藥大學附屬人民醫院、福建中醫藥大學附屬第二人民醫院、福建中醫藥大學附屬廈門市中醫院、福建中醫藥大學附屬福州中西醫結合醫院、福建中醫藥大學附屬泉州中醫院、福建中醫藥大學附屬漳州中醫院、福建中醫藥大學附屬寧德市醫院、福建中醫藥大學附屬三明中西醫結合醫院、福州市福清衛生學校、福建省中醫藥研究院、福建中醫藥大學國際中醫藥培訓中心、福建中醫藥大學屏山制藥廠、福建中醫藥大學資產經營有限公司
學校1998年、2000年、2002年、2006年、2009年五次被福建省委、福建省人民政府授予“文明校園”榮譽稱號。2002年和2007年，學校兩次在教育部組織的本科教學水平評估中均獲得“優秀”。2003年成為福建省人民政府重點建設的8所高校之壹。2011年被授予“全國中醫藥文化建設先進單位”。
2010年12月，學校順利通過了教育部專家組對學校的中醫學專業試點認證。學校擁有3門國家級精品課程，分別是康復護理學、中醫診斷學、中醫骨傷科學基礎；2個國家級教學團隊，分別是中醫康復及中醫診斷學教學團隊；4個國家級特色專業，分別是中醫學、針灸推拿學、護理學、中西醫臨床醫學；1門國家級雙語教學示範課程---經絡腧穴學；1個國家級人才培養模式創新實驗區---中醫師承人才培養模式創新實驗區。 截至2013年10月，學校有8個國家（局級）三級科研實驗室，2個省級重點實驗室。 國家中醫藥管理局三級科研實驗室病理生理學實驗室針灸生理實驗室骨重建生物力學實驗室中醫康復技術實驗室分子生物學實驗室中藥藥理（細胞結構與功能）實驗室中藥細胞生物學實驗室省級重點科研實驗室福建省中西醫結合老年性疾病重點實驗室福建省運動功能康復重點實驗室
截至2013年，紙質資源總量達105.3萬冊；各類學術電子資源容量達38TB，文獻資源基本覆蓋了學校的全部學科範疇。收藏線裝古籍圖書約1662種，***計9923冊（其中古醫籍約1400種，8000冊），其中最具特色的是福建古代著名醫家陳修園、宋慈、楊士瀛、鄭奮揚等各類著述80種，315冊；福建地域特色文獻12種，390余冊。
學校另有期刊《福建中醫藥大學學報》，主要刊載研究中醫中藥，中西醫結合的新成果、新觀點、新技術、新方法和臨床各科的診療經驗。 為弘揚中醫藥文化，追蹤科技前沿信息，2006年，學校開設“旗山講壇”，陸續聘請了陳可冀、陳凱先院士等著名專家學者進行學術專題報告。
學校與美國、德國、澳大利亞、日本、馬來西亞、臺灣、香港等國家和地區的高等院校、科研醫療機構、學術團體建立了穩定的合作關系。