13世紀，蒙古在漠北興起，並用畏兀兒字母書寫蒙古語，形成了畏兀兒蒙古文。南宋使臣趙珙見了這種文字，說它“驚蛇屈蚓，有如天書符篆書”。這時，蒙古大汗才責令“筆貼式”（書記官）書寫歷史。於是，鼠兒年（1240庚子）七月（也有1228戊子、1252壬子、1264甲子等說），大聚會，在客魯漣河畔的行宮裏，產生了《蒙古秘史》，正因為它是壹部皇家秘史，才秘不可讀，看做“祖傳家訓”之秘籍，“事關外禁，非令外人傳寫”。元世祖忽必烈時，曾對《蒙古秘史》做過壹番修動，稱之《金冊》，即《阿勒壇·帖蔔叠兒》，頒發於金帳汗國等宗藩。元仁宗（1312——1320）時，權臣鐵木叠兒因“盜觀國史”，遭到彈劾；精通蒙、漢文字的文臣邵庵（本名虞集，宋·承相虞允文五世孫）主持修撰《經世大典》時，欲讀“國史”，亦遭到拒絕。只有察罕壹人幸而奉詔，從《秘史》中譯出《聖武開天記》壹書（早已失傳）。元末明初，皇家秘籍“脫蔔赤顏”在戰亂中落入明人手中。
《蒙古秘史》，是蒙古“三大聖典”之首。比成書於1664年的《蒙古源流》、《蒙古黃金史綱》要早400余年，並形成祖、父輩遺傳、照引之關系。國際蒙古學協會主席〔日〕小澤重男教授稱贊說：《蒙古秘史》是蒙古人自己撰寫的第壹部成吉思汗傳。所以，才有波斯人著述的《史集》、伊朗人的《世界征服者史》、瑞典人的《多桑蒙古史》、法國的《蒙古帝國史》、德國和日本人的《成吉思汗》、俄羅斯的《蒙古人》、英國的《全人類的皇帝》、美國的《人類的帝王——成吉思汗》、意大利的《蒙古行記》等壹系列成吉思汗傳記。據知，美國學者、探險家克拉維茲已收集600多部撰寫成吉思汗的書籍，可謂“成吉思汗資源世界首富”。
明·洪武年間（1368——1398）奉命，翰林侍講火原潔、③編修馬沙亦黑二人為教習生員，將保存在宮廷中的《秘史》，以“華言譯其語”，用漢字音寫蒙古語，逐詞旁註漢譯，並分段節譯，題名為《元朝秘史》，凡十二卷正文十卷，續集二卷，***十二卷282節刊布面世（趙萬裏從故宮內閣大庫發現的明刻本41枚殘頁，替換了抄本中的相應部分），分正文、旁註漢譯、秘史總譯三個部分。這個明人簡譯的《元朝秘史》，目的不是修史的需要，而是應酬蒙地交往、訓練譯員，做為教材之用。所以《元朝秘史》，可能不是原本的全貌。
《元朝秘史》入編明《永樂大典》後則分十五卷。現行本有十二卷和十五卷兩種版本。
十二卷本有清·古籍校勘家顧廣圻和葉德輝本兩種；顧廣圻本是顧氏於清·嘉慶十年（1805），以張祥雲所藏舊抄本《秘史》為底本，參照當時流傳的其他抄本校勘而成，後歸盛昱所有，收藏於上海涵芬樓；商務印書館於1936年將顧校本影印收入四部叢刊三編，當時以故宮內閣大庫所發現的明刻本的41枚殘葉替換了抄本中的相應部分。四部叢刊三編本因此成為學界最受歡迎和普遍使用的本子。 葉德輝本（亦稱觀古堂本）是文廷式（翰林院侍讀學士），在光緒十壹年（1885），從盛氏所藏顧校本抄出，後歸葉德輝所有並於光緒三十四年（1908）刻印成書。
十五卷本《秘史》，在清代由藏書家鮑廷博從《永樂大典》中抄出，只有“總譯”，沒有“旁註”，後歸韓泰華所藏。該本於清·嘉慶五年（1800）由錢大昕（乾隆十九年進士、官至侍講學士、詩人夢麟的弟子）寫《跋》，他第壹次提出明刻本《元朝秘史》即元代的《脫蔔赤顏》之說，所以也稱“錢本”《秘史》，但現行本原於清·同治十壹年（1872），俄國駐北京學者鮑乃迪購得韓泰華藏本，後在俄國東方文獻出版社影印出版，1962年蘇聯學者潘克福的抄本，現藏俄國聖彼得堡大學圖書館東方庫。關於這三種版本《秘史》的來源，陳垣教授在所著《元秘史譯音用字考》中，已有詳盡的介紹