1、學術觀點不同：尊經派強調對經典醫籍的學習和傳承，註重對《黃帝內經》、《傷寒論》等經典著作的研究和理解，強調辨證施治的原則和方法，而經方派則更加關註臨床實踐經驗和具體病案的分析總結，註重對藥物藥性的研究和應用。
2、臨床經驗不同：尊經派的臨床經驗為：經典醫籍中蘊含著深刻的醫學原理和豐富的實踐經驗，而經方派的臨床經驗為：中醫治療疾病的關鍵在於辨證施治，要根據患者的具體情況進行針對性的治療。