不過在傳世的文獻上，秦漢之前的「咒」字，通常用在「詛咒／咒詛」這方面，主要是以負面的用法為主。如《史記．高祖功臣侯者年表》︰「侯終根坐咒詛，誅，國除。」相信這正是您的問題所在。此時「咒」字是負面用語，而「祝」字則是不帶價值判斷的壹般用字。
差不多到了漢末魏晉時期，「咒」字的意義逐漸放寬，不再專門用作負面詛咒之用。所以斐松之所註的《三國誌》中，即有「使二人口頌咒文，使死者魂神徑至」的用法，其意正與漢初的「祝曰」是壹樣的。因此這個時期的神秘通靈語文，才從「祝」字變成了「咒」字。
同樣在魏晉時期，佛教在中國開始大大地興盛起來。而佛經裏所記載的不少「真言」，便在這種語言環境之下，也就被當時代的人稱作「咒文」、「咒語」了。