在整理古籍中，底本與校本應擇善而從，於信息傳播發達的當代，力求及時汲取在學術考證和科技進步上已有定論的成果，博采眾長。《觀止》沒有照搬葉德輝的《雙梅景闇叢書》本中的佚失房中書輯，而是直接用《醫心方》卷第二十八的原貌，這是完全正確的。然而，在選錄《天地陰陽交歡大樂賦》時，《觀止》明知此賦“輾轉傳抄，脫漏殊多”，(第59頁)，卻仍照葉本。當然，葉本在整理中的功不可沒。《房中卷》坦率指出：“此本錄自法國伯希和藏敦煌寫本(第2539)，……舊葉德輝《雙梅景闇叢書》所錄，有不少傳寫上的錯誤，這裏是據原本重新轉寫錄出。”(第93頁)
《觀止》中收有《修真演義》，無跋。讓我們參考楊權先生所譯高羅佩《秘戲圖考》之同名篇，則有明人所寫的跋(第392頁)，從跋文中我們可獲取版本流傳的信息。《房中卷》亦收是篇“據臺灣《百部叢書》所收舊抄本。高羅佩《秘書十種》亦有此種。”(第208頁)臺灣抄本在“十壹、制勝妙術”篇末尚有“此下九條，當交互融會，觀之始得其妙。”(第214頁)《觀止》、《集要》、《秘戲圖考》本均無此句。《觀止》內的《既濟真經》(第170～172頁)也有缺文。《房中卷》同名篇“所錄是據臺灣《百部叢書》所印舊抄本。高羅佩《秘書十種》亦有此種而缺去開頭第壹段。”(第204頁)《觀止》所收的《既濟真經》亦缺開頭第壹段，而且在排印上也有不妥之處。據《秘戲圖考》、《房中卷》排印本，“既濟者，易卦名……俟修真者寶之。”均排成夾註式的小字。《觀止》170頁第三行“再吮其食，……短兵復入。”《觀止》卻將此行正文誤排成夾註式的小字了。從對照它書與揣摩上下本來看，《觀止》本這兩處明顯處理有誤。
《觀止》的某些地方偶有訛誤。如第135頁第11行的“淺內莖”，據文意與上下文可例補為“淺內(玉)莖。”第154頁的眉題誤排作“醫方類聚”，應改正為“醫心方”。第613頁第2行斷句有誤，該句“吸其氣和液咽，之則……”，應改正為“吸其氣和液咽之，則……”。此外，《觀止》選取清人王實穎《廣嗣五種備要》時，編入第壹種《種子心法》，卻刪去此法附有的種子丸四方。其實，這位字西成的清代醫生“因寄所托”乃自費刊刻是書贈人，內中種子丸不僅為“平日累效之藥餌”(原刻《廣嗣五種備要跋》)，也不乏自明代海外傳進的宮廷秘方。當然，瑕不掩瑜。我們吹毛求紃是為了讓精品經典書籍在整理、編選、排印諸方面的質量更上壹層樓，讓《觀止》更加精益求精，這也許是筆者見木不見林的壹孔之見，我們作為讀者期盼精品書籍的初衷是不容懷疑，矢誌不渝的。