由於《針灸甲乙經》的內容大體取材於《黃帝內經》和《明堂孔穴針灸治要》，很多研究者就從文獻學的角度去論說該書的價值。如有的介紹就說：“《甲乙經》的著成，對於我國針灸學的發展起到極大的促進作用。醫家在閱讀時，壹般不必再對三部原著的有關部分加以研讀，而只需研讀《甲乙經》，即可有精要的理解，大大地便利針灸學的學習過程，同時，它又具有重要的文獻學的價值，如《明堂孔穴針灸治要》原書早佚，借助《甲乙經》得以保存大部分精華內容。”
的確，它有著非常重要的文獻價值，不少古代研究成果之保存。而且還可以利用它來校勘醫學古籍。例如《黃帝內經》由於歷代傳抄而出現錯誤、斷簡蠹殘所致的闕漏，後人主要靠《針灸甲乙經》來對此進行校勘。
然而與文獻價值相比，更顯重要的是它的醫學價值———把以經脈學說為主體的針灸學理論與腧穴理論緊密結合起來了。這種結合大大推進了針灸治療理論和技術的提高。而且綜合各家，在許多方面都有突進。
《素問》和《靈樞》中腧穴的發展尚處於十分有限的境地。兩書實際所舉穴位不過160個左右，而且不少只有部位還無命名。而《甲乙經》使中國針灸穴位總數達到654 穴。
這些進步也得益於他所處的時代醫學取得的進步。魏晉南北朝時期，由於長期戰亂以及饑荒、疾疫危害著人民的生命，使醫學發展十分顯著，尤其是中醫外科醫術得到了突飛猛進的發展。華佗就是當時著名的醫生，對針灸治療有很大貢獻。其醫術精良， 常常針到病除。由於魏晉南北朝整個中醫學和外科醫術水平的提高，人體解剖的事例也隨之產生。人體解剖對進壹步準確弄清人體的生理構造，經脈穴道提供了可能。我們現在能見到的就有三例人體解剖的記載。
當時不僅名醫倍出，而且著書立說之風也很盛行。醫學著作略有百余種。不僅整理前說，而且多有創新。皇甫謐十分註意吸收這些同輩人的成果。如對王叔和整理《傷寒雜病論》，皇甫謐在《甲乙經》序言裏評述：“撰次仲景，選論甚精。”王叔和還著有《脈經》壹書，對診斷技術有深刻研究。
皇甫謐由於自身多病，對實踐更為重視。為了探求寒食散的醫療作用，還親自服食。魯迅的《魏晉風度及文章與藥及酒之關系》裏面對寒食散有壹定研究介紹。這也給他帶來了巨大的痛苦，這種痛苦使他想拿刀自殺。但他還是堅持“凡此諸救，皆吾所親，更也試之，不借問他人也”。
對前人和時人研究成果的積極吸收和重視實踐的態度使此書達到前所未有的高度。它壹問世，就在中外針灸學發展史上起著重要的作用。在國內，它壹直是學習中醫尤其是學習針灸學的必修課本，唐代太醫署定為學生的必修科目。而且在唐代、宋代官方的醫學教育中，也明確規定其為醫學校學習必修課，並設針博士、針助教、針師等進行授課和據以指導臨床實習。宋、金、元、明、清重要針灸學著作大都是在該書的基礎上加以發揮而成。被尊為藥聖的孫思邈說：“凡欲為大醫，必須讀《素問》、《甲乙》等諸部經方。”武俠小說中壹再提到的宋代針灸銅人都是以此為主要依據。
本書傳到國外後，同樣受到高度重視。日本《大寶律令》明確規定《甲乙經》為學習中醫的必修課本。國外已有英文譯本、法文譯本。
當然《甲乙經》也有很多不足，如重技術輕理論。這也是當時的壹個普遍現象。有學者認為是佛教邏輯的傳入，使中國醫學向技術和方劑方面靠攏。但我認為解釋為戰亂時期對實用醫學的需求增大更為合理壹些。而且重實用也是中國科技的壹個特點。
《甲乙經》至今還被廣泛地運用於臨床。使今人獲益匪淺。張氏從中發掘出治療癲癇病的方法。王春輝用其法治療痹證，療效顯著。
《針灸甲乙經》成書後，為歷代醫學家、針灸學家所重視，傳抄者頗多，自北宋校正醫書局校正後始成今之傳本。在國內現僅存若幹明刊本，日本珍藏有我國宋刊本。現國內所收藏者有明刊本之後歷代刊刻出版者計約20種。
該書有多種版本，所載卷數不壹，有作10卷、13卷的，多數作12卷。現存的最早版本是明代的《古今醫統正脈全書》本。