《永樂大典》修書過程中，對收錄書籍未做任何修改，采用兼收並取方式，保持書籍原始內容。但據專家表示，《永樂大典》有不少錯漏，並非如人所譽不曾擅減片語，謝保成即指出《永樂大典》卷壹九六三七目字韻下醫目條引《林唐語》，原文出自《因話錄》卷六《羽部》，《永樂大典》隨意刪改此文的情況非常嚴重，連善醫者沈師象也訛作喜醫者沈大師象。
永樂年間修訂的《永樂大典》原書只有壹部，現今存世的皆為嘉靖年間的抄本。明世宗十分喜歡《永樂大典》，經常隨身攜帶，翻閱查找驗方。嘉靖四十壹年八月下令抄寫了壹部。隆慶初告成，原本歸還南京。其正本貯文淵閣，副本別貯皇史。這套書到乾隆年間存有8，000冊，因此有人懷疑當時並未抄完。對於原書的去向壹直是壹個不解之謎，歷史學界有多種猜測。顧炎武《日知錄》斷定大典全部皆佚。另壹個猜測是，原書已給嘉靖皇帝殉葬。嘉靖駕崩後沒有馬上入葬而是等了很久，當時抄本正在進行中，有人認為是在等抄寫工作結束。而最後嘉靖的抄本只有8，000冊，讓人懷疑可能是急於下葬而沒有抄完。若果真如此，嘉靖入葬的永陵經遙感探測已證實內部全部積水，那麽《永樂大典》的原書已經無法再讓後人看到了。
《永樂大典》在明代即有佚失。乾隆三十八年（1772年），修《四庫全書》發現《永樂大典》已遺失缺失2，422卷，約千余冊。四庫館臣從《永樂大典》中輯出大量佚書，其中有385種收入《四庫全書》，以為菁華已載，糟粕可捐，原（書）可置不復道了。鹹豐十年（1860年），英法聯軍侵占北京，翰林院遭劫掠，丟失大量《大典》。光緒元年（1875年）修繕翰林院建築時，清查《大典》不足5，000冊，《永樂大典》之所以迅速流失，主要是職員監守自盜，據說文廷式壹人即曾盜走百余冊《永樂大典》。[11] 光緒二十年（1894年）六月翁同入翰林院清查時僅剩800冊，現今尚存約400冊，810卷，不到原書的4%。光緒二十六年（1900年）翰林院被義和團的拳民焚毀，《永樂大典》損壞三百余冊。光緒二十七年（1901）六月十壹日，英使館交回《大典》330冊。不久又遭到監守者瓜分1912年翰林院所藏《大典》移交京師圖書館時，僅剩64冊。
現今中國國家圖書館珍藏161冊，另外美國國會圖書館還藏有40冊，英國各地包括英國圖書館、英國牛津大學圖書館、英國倫敦大學東方語言學校、英國劍橋大學等存有51冊，德國漢堡大學圖書館、德國科隆大學圖書館、德國柏林人種博物館等存有5冊，日本國會圖書館、日本東洋文庫、日本京都大學人文科學研究所、日本京都大學附屬圖書館、日本三理圖書館、日本靜培堂文庫、日本斯道文訓、日本大阪府立圖書館、日本武田長兵衛、日本石黑傳六、日本小川廣己和韓國舊京李王職文庫亦有搜集， *** 立故宮博物院則存有62冊。