太平天貴三年(清文宗鹹豐三年，1853)初，柯五常率先登城，出任天官副丞相。三月，攻打南京，第壹次攻破義豐門。定都天津後，李、、羅大綱領兵攻克揚州、鎮江。同年五月，與李、紀壹起任北伐統帥，率領兩萬余將士在揚州宣誓效忠北伐。途經皖、豫、陜，侵入直隸，在林冠(今永年)大敗清直隸總督娜兒壹萬余人，封胡靖侯。繼續率軍從深州(今莘縣)至滄州，直抵楊柳青，直逼天津，攻克靜海(天津壹縣)。由於獨自深入，糧草不繼，又是寒冬，漸漸陷入困境。1854年南撤，退守阜城。紀被殺，退守東光蓮鎮。1855年2月，清軍猛攻廉貞，督察組苦戰，屢創大敵。三月，廉貞失陷，受傷被俘，後死於北京。追封求王。
金田起義後被轉移到蕭朝貴部。參加過多次廣西戰役。因其勇猛，敢於沖鋒陷陣，在永安被封為禦林鐵衛。後來攻長沙，進嶽州，敗武昌，都是先鋒。因為戰功，被提升為副丞相天官，躋身太平軍高級將領之列。
1855年2月，西聯鎮失陷，林鳳祥率2000人鎮守東聯鎮。3月7日，林鳳祥在指揮作戰時受了重傷。東聯鎮被桑林沁攻破，林鳳祥被關在地窖裏。和李率部北伐，但北伐軍全軍覆沒，壯烈犧牲在京。同治二年(1863)，太平天國統帥部謚號他為“尋王”。