明朝永樂初(公元1403-1423)，佛教高僧黛安主持重建寶山寺，寺於宣德三年(公元1428)竣工。
明朝萬歷三十五年(公元1607年)，蕭山方丈保山寺修建了大雄寶殿、大悲亭、寧香樓、天王殿、鐘樓、大雲堂等，成為江南壹大佛教聖地。清順治十七年(公元1660年)，蕭山進京主持董鄂妃葬禮的佛事儀式，被賜“尊佛”二字，成為寺中山珍。
民國十六年(公元1927年)，在李根源的邀請下，大秀和尚進入太湖方丈寶山寺，四年後成為文達方丈。文達擅長書畫，與蘇州文人交往密切，故在文達中被尊為大師。抗戰時期，聞達不畏艱險，幫助蔣銀秋先生將蘇州圖書館40多箱珍貴古籍藏於寺內。抗戰勝利後，他將它們歸還寺廟，千年功績傳為佳話。
唐宋以來，寶山寺屢遭廢棄，但其規模壹直是西山諸寺之冠。清末僧人分六間房，自下而上依次為景山堂(下室)、年華堂(中室)、禪堂、大雲堂、下西室、上西室，以大雲堂為主。該寺三面青山環繞，坐北朝南，山前溪水，鳥語花香，香煙繚繞，梵文裊裊。真是修行的福地。南宋的皮日休、陸桂蒙，南宋的範成大，明代的余慕珍、王充、許嵩，清代的魏源、朱彜尊，近代的李根源、田漢、金天傲、程小青、範煙橋、周壽娟等名人都曾紛至沓來，留下了數不清的詩詞歌賦，為這座古剎增添了別樣的詩情畫意。