《心史史料》（第壹冊），上海時事新報館，1914年
《滿洲名稱考》
《清朝前紀》
《清國號原稱後金考》
《朱三太子事述》，原載上海《時事新報》，1913年11月
《清朝前紀》，上海商務印書館，1930年
《滿洲開國史》孟森著、商鴻逵整理，上海古籍出版社，1992年12月（中華學術叢書之壹）
《明代史》，臺北中華叢書委員會，1957年
《明代史》（修訂本），臺北縣永和鎮華北出版社，1975年
《清史講義》，北京大學，1934年；上海中國文化服務社，1947年；臺北文星書店，1965年
《明清史講義》，中華書局，1981年3月
《明元清系通紀》（十五卷），北京大學，1934－1937年；臺北學生書局，1966年8月（吳相湘主編中國史學叢書）；臺北文廣書局，1972年8月（史料五篇）
《心史叢刊》，上海商務印書館，1916－1917年；上海大東書局，1936年合刊本；嶽麓書社，1986年5月合刊本
《清初三大疑案考實》，北京大學，1935年；嶽麓書社，1986年5月（附於《心史叢刊》外壹種）
《八旗制度考實》，北京大學，1936年
《明清史論著集刊》，中華書局，1959年11月
《建文遜國事考》，原載《北平圖書館館刊》5卷6期，1931年12月
《萬季野明文稿辨誣》，原載杭州國立浙江大學《史地雜誌》1卷2期，1937年7月
《明史編纂考》，1968年
《明本兵梁廷棟請斬袁崇煥原疏附跋》，原載北平研究院《史學集刊》1期，1936年4月；《幼師》34卷1期，1971年7月
《明烈皇殉國後紀》(據《朱三太子事述》改作)，原載《北京大學國學季刊》4卷3期，1934年9月
《南明永歷帝致吳三桂書跋》，原載天津《益世報·讀書周刊》57期，1936年7月16日
《崇禎存實疏抄跋》，原載《崇禎存實疏抄》上海商務印書館影印本，1934年，等等
《明史講義》（商傳導讀），上海古籍出版社，2002年6月第1版，2008年3月第3次印刷。