《周易易疏》，上海:上海古籍出版社，2011年。
《孟子章句論》，上海:華東師範大學出版社，2011年。
徐光啟《毛意六首》(校對)，上海:上海古籍出版社，2011年。
徐光啟《徐氏遺言》(與校勘)，上海:上海古籍出版社，2011年。《誰與藍天掃舊塵》——《大禮》思想背景新探，《學術月刊》第7期，1997。
《嘉靖初年的政治格局》，復旦大學學報(社會科學版)，第1999期，第1期。
明末思想漩渦中的利瑪竇，《文史知識》2002年第12期。
《義法史與中唐新歷史運動》，《復旦大學學報》(社會科學版)，2004年第6期。