《四庫全書》完成至今的兩百年間中國歷經動亂，《四庫全書》也同樣飽經滄桑，多份抄本在戰火中被毀。其中文源閣本在1860年英法聯軍攻占北京，火燒圓明園時被焚毀，文宗、文匯閣本在太平天國運動期間被毀；杭州文瀾閣藏書樓1861年在太平軍第二次攻占杭州時倒塌，所藏《四庫全書》散落民間，後由藏書家丁氏兄弟收拾、整理、補鈔，才搶救回原書的四分之壹，於1881年再度存放入修復後的文瀾閣。文瀾閣本在民國時期又有壹次大規模修補，目前大部分內容已經恢復。因此《四庫全書》今天只存3套半，其中文淵閣本原藏北京故宮，後經上海、南京轉運至臺灣，現藏臺北故宮博物院（也是保存較為完好的壹部）。文溯閣本1922年險些被賣給日本人，現藏甘肅省圖書館，近些年對這部書是否要歸還沈陽，甘肅、遼寧兩省壹直未能達成壹致。避暑山莊文津閣本於1950年代由中國政府下令調撥到中國國家圖書館，這是目前唯壹壹套原架原函原書保存的版本。而殘缺的文瀾閣本則藏於浙江省圖書館。
1966年10月，當時正處於中蘇關系緊張時，為保護《四庫全書》安全，林彪下令將文溯閣《四庫全書》秘密從沈陽運至蘭州，藏於戈壁沙漠中。目前，遼寧有關人士要求歸還，以書閣合璧。甘肅方面也修建藏書樓，加強保護。文溯閣《四庫全書》其最終歸屬仍處爭議中。
民國初期，商務印書館影印了《四庫全書珍本初集》，臺灣商務印書館影印出版了文淵閣本《四庫全書》，上海古籍出版社曾將之縮印。1999年香港的迪誌文化出版有限公司分別與上海人民出版社以及香港中文大學在中國大陸及香港出版發行文淵閣本《四庫全書》電子版。