乾隆十五年(1750)四月,黃元禦北遊北京,乾隆皇帝病了,很多醫生都想不出辦法。經過推薦,黃元禦進入皇宮治療疾病並擺脫它。他以高超的醫術特別受到乾隆皇帝的青睞,寫了壹本書《妙悟與黃綺》作為獎勵,送給他壹份禮物。
乾隆二十二年(1758),黃元禦在行醫和寫作生活中積勞成疾。他帶病回到家鄉,住在昌邑南角的書房裏。乾隆二十三年(1758)九月十七日猝死,享年54歲。乾隆皇帝得知黃元禦去世的消息,深感痛惜,並題寫“仁和藥”四字,緬懷其壹生的醫術和操守。