《儒藏》工程規模浩大，絕非某壹單位可以單獨完成，而北京大學擁有組織該項目的諸多有利條件。北京大學研究力量雄厚，有著傳承中國文化的傳統，文、史、哲、考古、圖書館等人文學科具有很強的優勢。北京大學集中了壹批從事儒學教學與研究的專門人才和著名學者，多年來已完成和出版多種有關儒學的著作，具有雄厚的古籍整理實力和良好的研究基礎。北京大學圖書館所收藏的古籍善本既富且精,可以為編纂《儒藏》提供約70%的圖書，並與國內外古籍藏書大館有著良好的合作關系，已同國家圖書館簽訂了《儒藏》編纂合作協議。同時，北京大學與國內外學術界有著廣泛而密切的聯系，具有較強的號召力和凝聚力，《儒藏》工程得到了國內外廣大學者的支持和參與。目前北京大學已經聯合國內外34所高校及研究機構，近300位國內外學者參與，***同完成“《儒藏》編纂與研究”這壹重大課題攻關項目。
北京大學領導及各級部門對《儒藏》工程給予了大力支持。2003年5月北京大學成立以季羨林先生為名譽主任、許智宏校長為主任、吳誌攀副校長為副主任、湯壹介先生為常務副主任的“北京大學儒藏編纂與研究指導委員會”，負責《儒藏》工程計劃和成果審查、工作進度考核、財務監督等工作。同時成立以湯壹介先生、吳誌攀副校長（2007年由張國有副校長接任）為組長，由北大中文系、歷史系、哲學系以及圖書館等單位的專家學者組成的“北京大學《儒藏》編纂工作小組”，負責《儒藏》工程的規劃制定、業務咨詢和重大問題研究等工作。2004年6月經教育部批準北京大學成立了實體性機構“北京大學《儒藏》編纂中心”，負責《儒藏》工程的組織實施工作。
經過多方協商，目前已組成以季羨林先生為首席總編纂，湯壹介（該項目首席專家）、龐樸、孫欽善、安平秋先生為總編纂，包括中國大陸和港臺地區及韓國、日本、越南、法國、美國等海內外近百位專家學者為編委的《儒藏》精華編編纂委員會，並聘請饒宗頤（香港）、任繼愈、王元化、來新夏、朱伯昆、田余慶、蕭萐父、黃永年、汪德邁（法國）、戶川芳郎（日本）、柳承國（韓國）、金忠烈（韓國）、崔根德（韓國）等13位海內外年高德劭的老壹輩專家學者為《儒藏》精華編顧問。同時組建了以中華書局、人民文學出版社、上海古籍出版社等單位具有古籍整理經驗的資深編審為主的審稿專家組。
北京大學已多次召開《儒藏》編委及部類主編會議，就編纂《儒藏》進行學術研討和經驗交流。同時聯系韓國、日本、越南的學者，設置編纂機構，啟動《儒藏》海外文獻部類的編纂工作。