采編部
負責館藏紙質和電子文獻的采購，對到館文獻進行驗收、分類、編目，對現有目錄進行管理，進行新書及回溯書目數據庫建設等。承擔吉林省圖書館采編中心的日常工作。
借閱部
負責館藏中外文圖書的讀者借閱工作。包括中文圖書開架借閱室、小說開架借閱室、計算機圖書館開架借閱室、青少年開架借閱室、保存本開架借閱室、讀者自修室及基本書庫借閱處的管理、借閱、咨詢等工作。負責讀者各種借閱證的辦理。承擔中外文圖書6個庫房的管理和典藏工作。
報刊部
負責圖書館中外文報刊的采購、驗收、分類、典藏、書目數據加工及回溯建庫工作，同時提供中外文報刊的閱覽服務。
最新書屋
負責圖書館內新書的讀者借閱工作。包括預約借書、電話續借等；負責集體借閱、圖書流通站、學校及社區分館借還圖書的管理；為讀者提供代查、代購、代郵等服務，解答讀者各類咨詢。
信息咨詢部
負責為黨政機關決策提供信息咨詢；為企業、科研院所進行課題跟蹤服務；為團體和個人提供課題查新、法律咨詢等服務；定期編輯《信息匯要》 、 《致富信息參考》 、《市場競爭情報》和《世界十大汽車廠商信息通報》等二次文獻，同時面向社會開展網上參考咨詢服務。
信息網絡部
負責圖書館計算機、網絡設施及業務自動化系統的管理與維護；圖書館網站的建設、維護與更新；電子閱覽室的管理等。
歷史文獻部
負責歷史文獻內閱室的讀者服務和管理；負責古籍善本文獻、民國時期文獻、港澳臺地區文獻、舊日文圖書的管理和調卷內閱服務；負責古籍文獻開發和二次文獻的編輯工作；負責吉林、黑龍江兩省的文獻縮微和讀者閱讀工作；承擔古籍善本文獻的修復工作。
社會教育培訓部
負責面向社會合作辦學，舉辦各類短期培訓；開展各種類型讀者活動和青少年素質教育活動；舉辦各類講座；負責館外圖書流通站的建立；負責“青青草”少兒網站的管理。
學會秘書處
負責吉林省各系統圖書館和市（縣）公***圖書館的協作協調及業務輔導工作，定期編輯《吉圖通訊》 ；開展各種形式的學術交流活動；負責吉林省圖書館學會日常管理工作。
《圖書館學研究》編輯部
負責《圖書館學研究》編輯、出版、發行業務，為廣大圖書館界的同仁們提供圖書館學、情報學學術研究成果等工作。
財務科
負責圖書館館財務核算、資金管理及各類借閱證件印制和管理等工作。
行政科
負責圖書館館日常行政管理，包括供水、供電、供熱、房產等工作；負責固定資產的登記、統計、核查、報廢；負責辦公用品、日常用品的采購及庫房的管理；負責車務管理、職工食堂、綠化保潔及三產等工作。