根據上述職責，市衛生局設11個職能處室，均為正科級建制。
（壹）辦公室（掛“法制處”、“行政辦事服務處”牌子）
負責組織、協調、督促局機關的政務工作；參與局機關重要文稿和文件的調研及撰寫工作，制定並實施機關各項工作制度；承擔局機關文電處理、文件審核、秘書事務、信息、機要保密、信訪、檔案、後勤服務、安全保衛、衛生誌和年鑒的編纂等工作；負責政務公開、信息化建設工作；負責市直系統綜合治理和安全保衛各項防範措施的檢查督促工作。
負責協調全市衛生法制工作，辦理衛生行政復議案件，開展衛生執法監督，承辦衛生行政訴訟的應訴和重大衛生處罰案件聽證工作，組織法律法規培訓、管理行政執法證件。負責衛生行政許可服務工作。
（二）規劃財務處（掛“審計處”牌子）
負責擬訂衛生事業中長期發展規劃，統籌規劃和協調全市衛生資源配置，管理全市大型醫用設備配置；編制衛生事業經費預算和決算，協調落實衛生事業經費；指導全市衛生基本建設計劃管理；協同有關部門協調和指導醫療衛生收費和價格管理，提出政策建議；指導和協調公立醫院補償機制改革相關工作；負責全市衛生統計管理工作；貫徹執行國家關於審計工作的法律、法規，組織實施和監督管理衛生審計工作，負責局機關及直屬醫療衛生單位的規劃建設、財務資產的監管以及內部審計工作。
（三）疾病預防控制處（掛“衛生應急辦”牌子）
依法監督管理全市傳染病防治工作，組織擬訂全市計劃免疫、重大傳染病及其他嚴重危害人體健康疾病的防治規劃和幹預措施，並組織實施和監督檢查；完善疾病防控體系，防止和控制疾病的發生和疫情的蔓延；組織指導全市重大公***衛生服務項目的實施和監督檢查。
擬訂衛生應急和緊急醫療救援規劃、制度、預案和措施；指導突發公***衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估及衛生應急工作；組織實施對突發急性傳染病的防控和應急措施；對重大災害、中毒事故組織實施緊急醫療救援；發布突發公***衛生事件應急處置信息。
（四）基層衛生與婦幼保健處
擬訂社區衛生、農村衛生、新型農村合作醫療保障發展規劃並組織實施，承擔城鄉基層醫療衛生機構和新型農村合作醫療的綜合管理；指導城鄉社區衛生服務體系、農村衛生服務體系建設和鄉村醫生管理等相關工作，監督指導城鄉基層衛生政策的落實；組織實施全市基本公***衛生服務和重大公***衛生服務工作，建立績效考核機制，促進基本公***衛生服務均等化；組織檢查督促全市基層醫療衛生機構基本藥物制度的實施工作；負責編制全市婦幼衛生發展規劃並指導實施；對全市婦幼衛生保健服務實施監督管理；負責全市母嬰保健技術服務執業許可及從業人員資格認定，實施從業準入許可制度；會同有關部門開展計劃生育有關技術服務的質量監督和業務指導；實施托幼機構的衛生保健監督管理；負責衛生扶貧工作。
（五）醫政處（掛“科技教育處”、“醫療服務監管處”牌子）
擬訂和組織實施醫療機構、醫療技術應用、醫療質量和服務、采供血機構管理等有關政策、規範、標準並組織監督檢查；承擔全市醫療、采供血機構規劃設置、執業活動審核、報批和監督管理工作；整頓和規範醫療服務市場，組織查處醫療違法行為；指導醫院藥事服務、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理、臨床路徑管理等工作；承辦醫療技術人員的考試、考核工作；組織實施城市醫院與農村和社區對口支援工作；協調各類體檢和心理衛生、防盲、社區康復工作；擬訂並組織實施全市醫療管理制度；指導和管理社會醫療機構工作；協助有關部門做好醫療事故鑒定工作；負責重大突發性自然災害和意外事故的醫療救護及重大活動的醫療保障工作；建立醫院運行質態評價體系和醫療安全控制評價體系，定期組織評價；承擔推進公立醫院管理體制、運行機制改革相關工作；負責市直系統雙擁、人武工作。
組織實施全市醫學科技攻關、醫學科研成果鑒定及新技術、新方法引進、推廣工作；負責指導和協調全市臨床重點專科建設、醫學教育等有關管理工作；負責擬訂全市衛生系統人才培訓、培養、引進規劃和繼續醫學教育計劃，組織實施衛生專業技術人員崗位培訓、繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作。
（六）中醫管理處
承擔中醫藥政策調查研究工作；擬訂全市中醫藥事業發展規劃、計劃，並組織實施；負責中醫醫療、預防、保健、康復等的監督管理；承擔中醫醫療機構的準入管理工作；擬訂中醫藥學科建設與人才發展規劃，並組織實施；組織開展中醫臨床重點（特色）專科（專病）建設、中醫藥師承教育、畢業後教育、繼續教育和相關人才培訓工作；指導和組織實施中醫藥進農村、進社區、進家庭；指導中醫藥科研條件和能力建設，促進中醫藥科技成果的轉化、應用和推廣；組織開展對中醫古籍、名老中醫理論、醫術、藥物的發掘、整理、研究和繼續發展；傳承弘揚中醫藥文化，普及和傳播中醫藥知識，擴大中醫的對外合作與交流。
（七）愛國衛生工作處
承擔市愛國衛生運動委員會辦公室的日常工作；擬訂全市愛國衛生工作長遠規劃、年度計劃和階段性實施計劃，協調各委員部門工作職責的落實；協調各部門、各縣（市、區）組織開展城鄉環境衛生整治、農村飲水水源衛生監測、農村改廁工作以及創建衛生城市（鎮、村）活動，擬訂農村改廁的優惠政策；負責開展群眾性衛生的監督管理和檢查評比活動；負責組織實施病媒生物防制，並做好效果評價；擬訂全市健康教育與健康促進規劃並組織實施。
（八）食品安全綜合協調與衛生監督處
在市食品安全委員會及辦公室領導下，參與食品安全綜合協調工作；組織擬訂地方性食品安全管理的工作規劃並監督實施；協調有關部門承擔食品安全監督工作；協調開展食品安全的專項執法監督檢查活動，參與查處重大食品安全事故。
組織開展食品安全信息收集、分析和風險監測、評估、預警工作；會同有關部門制定食品安全監管信息發布辦法並監督實施，綜合有關部門食品安全信息並定期向社會發布；健全食品安全事故報告系統，依法組織查處重大安全事故；擬訂食品重大事故的各種應急救援預案，配合有關部門開展應急救援工作；負責公***場所衛生、飲用水衛生、壹次性醫療用品以及職業衛生、環境衛生、放射衛生和學校衛生以及消毒等監督監測與管理；負責傳染病防治監督，督辦重大醫療衛生違法案件。負責對全市衛生監督員的考核聘任等工作。
（九）人事處
組織擬訂衛生人才發展規劃並指導實施，指導全市衛生人事、分配制度改革；負責局機關和市直單位的機構編制、人事調配、勞動工資、專家選拔、人才招引、轉復軍人政策性安置及工作人員崗位培訓、考核獎懲、離退休人員及局管幹部的人事檔案管理等工作；指導市直單位崗位設置、崗位聘任等管理工作；承辦全市衛生專業技術人員資格考試的組織工作，負責全市衛生專業技術人員資格認定報批工作；負責全市衛生系統外事管理、對外交流及市直單位的計劃生育管理工作；承擔指導公立醫院人事制度改革工作。
（十）組織宣傳處
負責局機關和市直醫療衛生單位的組織、宣傳、統戰和知識分子等工作；負責局機關黨總支日常工作；組織局機關幹部的理論學習，配合市有關部門開展精神文明建設活動，負責市直單位文明城市、文明行業、文明單位創建、普法教育和職業道德繼續教育等工作的檢查督促；協助局黨委做好市直醫療衛生單位黨政負責人的考核、任免以及局管幹部的管理、培訓等工作。
（十壹）市幹部醫療保健辦公室
承擔市幹部保健委員會的具體工作，貫徹落實國家有關幹部醫療保健的政策規定，制定具體實施辦法並組織實施；負責對享受幹部醫療保健待遇的單位和人員範圍、資格進行審核，協調相關部門開展幹部保健工作；組織幹部醫療保健經費預算編制和使用管理，負責幹部醫療保健對象日常醫藥費的審核報批工作；組織幹部健康體檢及療養服務，建立保健對象健康檔案；負責開展機關幹部健康教育；指導基層醫療點幹部醫療保健服務工作；參與醫療機構推行醫療保健制度改革工作。
機關黨組織、紀檢監察、群團等機構設置按有關規定執行。