書中認為人體各處都有神仙，首次提出了三丹田的理論。介紹了許多存思觀想的方法。
《黃庭經》是道教上清派的重要經典，屬於洞玄部。現傳《黃庭經》有《黃庭內景玉經》、《黃庭外景玉經》、《黃庭中景玉經》三種，因中經出現較晚，可以暫置不論，關於內外經的作者、成書年代及其相互關系，向來有多種說法。今人王明先生在《黃帝經考》中曾作詳細考證，認為魏晉之際，民間已有私藏七言韻語體《黃庭》草本。大約在晉武帝太康九年（288年），女道士魏華存得到這個《黃庭》草本並加以註述；或有道士口授，華存筆錄而寫成定本《黃帝內景經》。晉成帝鹹和九年（334年），魏華存去世，《黃庭外景經》約在這前後問世，它是在《內經》的基礎上撰寫而成的，作者不祥。這是主張《內經》在《外經》之前出現。歷史上也有人認為《內經》在《外經》之後出現的，如歐陽修等。
《內經》與《外經》旨意相通，這點是無疑問的。歷來校註本經的較多，今所見最早註本為唐玄宗時隱士白履忠（號梁丘子）註的，收入《雲笈七簽》和《修真十書》，另有胡?、歐陽修、劉處玄、蔣慎修等都註過《黃庭經》，而清人董德寧《黃庭經發微》較曉暢易懂，陳攖寧《黃庭經講義》分類詮釋，解難釋晦。據《雲笈七簽》本，《內景經》***36章，每章以句首二字作為標題，正文計416句，2912字；《外景經》分上中下三部，計98句，686字。別本與此大略相同。經名“黃庭”壹辭的含義，有不同的解釋。《正統道藏》染丘子註序：“黃者，中央之色也；庭者，四方之中也。外指事，即天中地中人中；內指事，即腦中心中脾中，故曰‘黃庭’。
內者，心也；景者，象也。外象諭，即日月星辰雲霞之象；內象諭，即血肉筋骨臟腑之象也。心居身內，存觀壹體之象色，故曰內景也。”王明《黃庭經考·釋題》說：“按黃庭三宮，上宮腦中，中宮心中，下宮脾中，黃為中央之色，庭為四方之中，並具中義。內景者，含氣養精，內視神象：似義取雙關。”今人陳攖寧認為庭乃階前空地，故黃庭表示中空的意思，對人體而言就是臍內空處。總而言之，“黃”是中央之色（根據五行說：東方甲乙木，南方丙丁火，中央戊己土，西方庚辛金，北方壬癸水。土色為黃，故黃為中央之色），“庭”指四方之中，或指階前空地，“黃庭”即喻指道家內修功夫的中空現象。
《內景經》又名《太上琴心文》、《東華玉篇》、《大帝金書》。歷代稱它是魏晉間道士養生之書，其實它遠在壹般藥物養身、術數延命之類書之上，而是壹部繼承漢代“五臟神”之說，以身體臟腑各有所主的理論為基礎，結合道教人身百脈關竅各有司神之說，以七言韻文的形式，註重以“存思”為主的修煉要訣。因它是早期上清派崇奉的經典，故又稱《上清黃庭內景玉經》。《內景經》包含著壹些醫學理論，分別論述了人體各主要器官的大致情狀以及主要生理功能，其中有十四章著重闡述了人體五臟及膽腑的生理作用。經中認為心是臟腑之王，能知寒熱、和榮衛、通血脈、調陰陽；心開竊於口舌，能吐納五臟之氣，識別五行之味。所以人能心安，就可以體和無病身不枯。肝主謀慮，藏血、魂魄之居。
經中認為肝開竅於目，如日月之明，五行之關鏡。肝氣上與三焦氣合，下為口中津液，津液過玄膺、明堂入丹田，真氣流布，百骸受潤，則無疾病。脾為倉廩之本，納谷物生味道，化糟粕。它認為脾居中央，橫在胃上，外應臉色；脾胃相合供應營養，那麽血脈通暢，筋骨強健、肌膚豐潤、營養全軀，就能延年益壽。故它重視脾的功能，稱脾為下黃庭宮、人體的根本、五臟的要樞。肺為氣之本，開竅於鼻，布氣於七竅，主耳目聰明。認為肺氣起自三焦，能調理五臟之元氣，人若能把津液吞進丹田，那麽膚色亮澤，百脈通暢，齒堅發黑，不會衰老。腎者精之處，先天之本，元氣之根，主骨。經中認為腎主五臟六腑、九竊津液之相連，開竅於耳，腎氣充足，則耳聰目明，筋強骨健、百脈通暢。又腎藏精，認為人若止精可長壽。經文認為，膽主決斷，為六腑之精。人若膽、力互用，能攝虎兵。又認為膽外名於眉目之間，喜怒皆行此處，憤則發上沖冠。
《內景經》又吸收《河上公老子章句》及《太平經》中“五臟神”的觀念，發展為三部八景二十四神之說，認為人體各部位都有神靈居住。三部八景二十四神，是指將人身分為上元宮、中元宮、下元宮三部分，每部分的元宮都有八景神鎮守，即上部八景神鎮在人身上元宮中，中部八景神鎮在人身中元宮中，下碚八景神鎮在下元宮中。經中認為人們若能存思三部八景二十四神，則三田五臟的真氣調和，不會有疾病，甚至能乘雲升仙。值得註意的是，這些神的名字並非隨意起的，而是根據人身各器官的功能、所處方位以及顏色、狀態等，加以提煉概括成的。如對面部七神的介紹：“發神蒼華字太元”；“腦神精根字泥丸”；“眼神明上字英玄”；“鼻神玉壟字靈堅”；“耳神空閑字幽田”；“舌神通命字正倫”；“齒神■峰字羅千”。
這些神名都是對相應器官進行形象的概括，各具特色。經中認為，人體正是靠這些神的主宰，才是以維持生理活動正常地進行，才能“形與神具”。這些神有別於超自然力量的神，而是主宰人體生理活動的“功能神”。這也反映出古時人們對人體器官功能的壹些正確認識，但他們卻將人體器官功能的主宰歸結於神，是明顯錯誤的。
《內景經》還對《存思法》進行詳細闡述。早期道教《太平經》中就有存思五臟神萬病都可消除的說法，《內景經》繼承這壹思想並加以進壹步發揮。認為“存思百念視節度”，即要求存思身中百神，呼吸上下如壹而除雜念。並認為“可用存思登虛空”，這是把存思之法當作學仙之道。可以說，存思是道教上清派典型的修煉方法，也是《內景經》的核心內容。所謂存思之法，《內景經》中包含兩個方面內容，壹是指存思身內諸神，另外指存思身外之物。
道教認為人體多神，而以五臟神為主，故重視存思五臟神的色、形、氣、服飾、姓名等。《內景經》對於存思心、肝、脾、肺、腎等五臟神，都分別加以論述，其中對存思心神的論述最多。如經中述道：“心典壹體五藏（臟）王，動靜念之道德行，清潔善氣自明光，坐起吾俱***棟梁，晝日曜景暮閉藏，通利華精調陰陽。”這是認為心有神靈，且是五臟之王，倘若經常存思心神，那麽陰陽和順，臟腑調勻，均無疾病。存思肝神：“肝氣郁勃清且長，羅列六府生三光，……五色雲氣紛青蔥，閉目內眄自相望。”
肝屬東方木位，主青，故肝氣旺盛清而且長時，如東方之木主春，肝為生氣之本，閉目冥想生氣遍照體內五臟之腑，與臟腑相應，上為五色雲，如日月星辰光亮明徹，久久即可自己內視臟腑。“內視”是存思法中壹種重要思想，就是指修煉者閉目存思，潛神入定後，內觀形體，神氣充溢而使體內朗然洞徹的景象。關於存思脾神：“脾長壹尺掩太倉，中部老君治明堂，……黃衣紫帶龍虎章，長精益命賴君王，三呼我名神自通。”脾居中宮，存思脾神，即可增長精氣，延長壽命，心虛洞鑒，神靈自通。關於存思肺神：“肺部之宮似華蓋，下有童子坐玉闕。……素錦衣裳黃雲帶，喘息呼吸體不快，急存白雲和六氣，神仙久視無災害，同之不己形不滯。”肺為金宮，在五臟之上，狀似華蓋。
童子、白雲都是指肺神。當喘息不定呼吸不暢、身體不快時，就趕緊存思肺神，便能調和六氣而無災害，常用此道，可保形體不枯衰。關於存思腎神：“腎部之宮玄闕園，中有童子冥上玄，……蒼錦雲衣舞龍幡，……百病千災急當存，兩部水王對門生，使人長生■九天。”腎為水宮。玄闕園，喻指腎之外形。童子、水王都是指腎神。當人正生病時，就應立即存思腎神，這樣便能逢兇化吉，免除疾病而能升天成仙。
《內景經》提出“三丹田”之說。關於三丹田之名，在此經之前的早期道教籍中尚未出現。《太平經》、《大洞真經》提到泥丸、心、臍等與之相關的名稱，只有到了《內景經》才明確提出“三丹田”的概念。丹田有上、中、下之分，故合作“三田”。每壹丹田中各居著壹位神，故有“三神”。又因丹田之室，方圓壹寸，故稱寸田，下面分別簡介三丹田。
關於上丹田：眉間內入三寸為上丹田宮，也叫泥丸宮。“泥丸百節皆有神，……壹面之神宗泥丸，泥丸九真皆有房，方圓壹寸處此中，同服紫衣飛羅裳，但思壹部壽無窮，非各別住俱腦中，列位次坐向外方”，講的是泥丸宮在壹身之首，是百神之主，泥丸百節都有神，它們都受腦主持而排定坐次，泥丸九真都穿紫衣羅裳，人們只要意守上丹田，存思九真神，就可以延壽不老。