本縣先後設立大龍田(今龍田)、坭陂、長興(今羅浮)、羅崗、龍歸洞(今黃陂)、石馬、大坪、蓮塘(今永和)、徑心、新陂、葉塘、水口等12個圩場。同期，設軍屯5處：大龍田屯(今龍田圩西北)、甘塘屯(今葉塘區東部)、魚梁屯(縣南15公裏處)、吉昌屯(今坭陂篤陂鄉)、龍婆屯(縣西)。各屯田5000畝左右。
洪武二年(1369年)，知縣周仕貴移縣治於今興城鎮地，築土垣200丈，圍公署、倉庫於城墻內。同年，縣丞劉淵置興寧驛，全縣設縣前、茅塘、小洋、蓮塘、南木、留田、徑心等7鋪。同年，裁撤循州，興寧改隸惠州府。
洪武三年(1370年)，知縣周仕貴和縣丞劉淵秉承朝廷神道設教意旨，建立社稷壇(在西河橋西半裏處)、山川壇(在城南半裏處)、邑厲壇(在城北約1裏處)。
洪武四年(1371年)，縣丞劉昭輔奉朝廷設科取士詔令，始創廟學，重建學宮於縣治之東南。同年改陰陽學(元、明時地方設立的天文學校)為醫學(培養醫藥人才的學校，地址在今中山西路)。同年，設十三都巡檢司於縣北100裏處(現羅浮鎮)，委巡檢1名，設弓兵20名，常年駐守。同年，於縣南水口建河泊所，管理漁民，時有船只400余艘。同年，於城內東、北街口建城隍廟。同年，於縣公署右側建嶺東道行臺，接待來往官員。
洪武八年(1375年)，設巡檢司於水口，委巡檢1名，設弓兵20名，常年駐守。
洪武十四年(1381年)，知縣張助於城南始建養濟院，收容窮苦無依的老弱病殘百姓。
洪武十七年(1384年)，儒學教渝、訓導奉頒“科舉條式”，令士子攻讀四書、五經，以應科舉考試。
洪武二十年(1387年)，江西安遠人周三率兵進興寧，與官軍交戰，持續3年。本縣人民或死於戰亂，或避難流亡，僅存20余戶，編為2圖附於長樂，由長樂知縣習韶兼管。同年，興寧驛遷於長樂南門河邊，改名長樂驛。
洪武二十三年(1390年)，知縣夏則中招攜流亡，佃耕官田，並上疏朝廷，請準減輕官田租稅，使農民得以安業，短時期內戶口大增。
洪武二十四年(1391年)，遵朝廷令編制冊籍。全縣設7裏、70甲、160保，有722戶、2626口(適齡賦役對象)。全縣有田地山塘48655畝，應納稅糧：秋糧米1280石，夏稅米8.1石。
洪武二十五年(1392年)，因大龍田、魚梁、龍婆三屯軍多逃亡，遂並入甘塘和吉昌兩屯，1392年分別由長樂守禦黃陵領軍112名、蔣守忠領軍110名屯種，每名每年須納米12石。 永樂十年(1412年)，全縣有1033戶、418l口，田地山塘117034.4畝。
正統五年(1440年)，知縣朱孟德於縣前大街始建布政司行署。
正統六年(1111年)，撤銷水口河泊所，?民歸並下六都編戶。知縣朱孟德奏準授張伯齡為水口巡檢，專事撫瑤，並準世襲。
正統十年(1445年)，知縣蔡德義等於文廟內始建尊經閣。
正統十三年(1448年)，在縣城南3裏處建南嶽宮。
景泰五年(1454年)，舒韶任知縣，在任9年。分別在和山、茅塘、梓臯、陳坑建預備倉4所，儲糧備荒。
天順五年(1461年)九月，邑人羅劉寧聚眾千余，先破興城，官署民居全遭焚毀；又續攻長樂、程鄉(今梅縣)。後受接察司副使陳廉招撫。
天順八年(1464年)，楊輝、曾玉聚眾於縣北寶龍、梅西石坑等地起事，為按察司僉事毛吉率兵剿滅。
成化三年(1467年)冬，知縣秦宏奏報朝廷核準重建縣城，改土垣為磚城，翌年夏建成。城高1.85丈，周長626丈。雉堞903個。環城掘濠，深0.7丈，寬2丈。跨濠架橋，辟東西南北四門。城內公署、谷倉、學宮、城隍廟等的重建工程，費時較長，陸續完成。
成化十六年(1480年)，知縣侯爵主修縣誌(已佚)，邑舉人王璉作序，是為《興寧縣誌》有刊本之始。
成化十八年(1482年)，改興寧至程鄉驛道。因東路山深林密，改由南路設鋪，隨地易名。***築刁坊、官陂、大水坑、水口、小峰等5鋪。
成化二十三年(1487年)，儒學教諭奉旨，敦促應考士子除攻讀四書、五經外，必須揣摩八股制藝之文(其時科舉考試，開始用八股文)。
弘治十六年(1503年)，流瑤首領彭錦、劉文玉、練成才聚眾，各據大望山、大信、上下畬、寶龍等地，朝廷統調大兵進剿。
正德七年(1512年)秋，張番壇於縣北大望山聚眾數千人，先後攻陷福建寧化、江西石城等地。朝廷命禦史周南、參政方良率軍圍剿。
正德九年(1514年)，邑人王天與登進士。明代本縣有進士3人，另二人為林廷庸(1466年)、林驥(1469年)。
正德十年(1515年)冬，林滿山在大望山率眾造反，知縣祝允明(號枝山)命軍剿捕。同年，重建城內老街關帝廟。
正德十壹年(1516年)，知縣祝允明主修縣誌4卷，題為《正德興寧縣誌》，為本縣現存縣誌中最早的壹部。
正德十四年(1519年)，興建和山巖寺。同年，葉塘烏池村紳吳法謙率眾興修水利，在烏池與大坪朱坑村交界處，築石陂1座，並開挖經龍躍、龍塘至坪埂村的灌溉渠1條，全長10多公裏，可灌溉農田1500多畝。至今仍發揮效益。嘉靖元年(1522年)，全縣有田地、山塘22.16萬畝，比永樂十年(1412年)增加10.45萬畝。
嘉靖二年(1523年)，知縣應鵬?倡建西門浮橋，用鐵纜4根連結木船24艘，上鋪木板。十七年，知縣方述籌白銀5000兩，改浮橋為石撟。二十九年，橋被洪水沖毀，知縣黃國奎募資復造浮橋。
嘉靖四年(1525年)，修葺城墻，加建4個城門樓，並更名東門為平遠門，西門為阜成門，南門為迎薰門，北門為拱辰門。
嘉靖八年(1529年)，於城北2裏處建東嶽宮。
嘉靖十三年(1534年)，知縣施幹於西門濠塘左邊建維城社學。
嘉靖三十年(1551年)，邑人王天敘重建神光寺。是年，知縣黃國奎主修縣誌4卷，今存。
嘉靖三十五年(1556年)夏，大雨，數百間民房被沖毀。
嘉靖三十九年(1560年)，知縣陳其箴修建城墻，加建重門，東西兩門更名為朝陽門和觀瀾門。
嘉靖四十年(1561年)四月三十日晨，饒平陳村、鄭呂養等流寇竄犯本縣打禾坪、蛇塘等地，捉人勒贖。同日晚於黃嶺背紮營，次日離去。
嘉靖四十三年(1564年)，賊寇葉舟樓等劫掠各鄉，占據民田，焚毀廬舍。濫殺村民，群情惶恐，寇去則趁隙耕作，寇來則閉壘而守。嘉靖四十五年(1566年)秋，瘟疫流行。
隆慶三年(1569年)，邑人李松峰等遣反，總兵俞大猷設計招撫。嗣後，蘇繼杞、楊子亮、黃恒等又聚眾造反，破各廂圍寨。後內部互相攻伐，黃恒殺敗楊子亮，收編其部屬，據守黃坑。次年黃經官府誘迫而受招撫。
萬歷二年(1574年)，於城南1裏處赤崗墩建隆興塔。次年於縣西2裏建隆興寺，寺後建七層寶塔。
萬歷四年(1576年)，於水口建周塘驛，由水口巡檢司兼攝，接待來往官員。
萬歷八年(1580年)，知縣孫夢龍奉令在全縣清丈土地，清出大量瞞地，使稅田從贏靖元年(1522年)的22.2萬畝增至37.81萬畝。
萬歷九年(1581年)，水災。縣北大信地有巨石大10圍，高5尺，遭水沖徙移壹裏。
萬歷十三年(1585年)，邑人劉青山等聚眾數百人在羅崗造反，後被官軍捕殺。
萬歷十四年(1586年)，知縣石承芳設羅崗營，募鄉兵300名，每月初壹、十五日在營，余日歸農。
萬歷十八年(1590年)，知縣王棟建富谷社學於城北。
萬歷三十年(1602年)，知縣史懋文明令禁服大茶葉等毒草，如有違者，咎其父兄子弟。是年，史懋文重建尊經閣，廣置經籍藏於閣內。三十三年史偕博士王學淵、連瓚等人，專程到江西臨川謁見明文學家湯顯祖。湯應史的請求，撰寫了《惠州府興寧縣重建尊經閣碑記》，全文長達1250字。
萬歷三十七年(1609年)，知縣陳應薦修南濟橋(浮橋)。該橋至20世紀80年代初方毀。
萬歷四十三年(1615年)，何南風中舉。明代本縣先後中舉者有30人(其中武舉5人)。
萬歷四十五年(1617年)二、三月，谷貴，附城貧民白晝破倉奪糧。知縣黃若雲派兵圍捕，擊斃數人。夏四月，陡發洪水，龍歸洞圩被沖，溺死127人，鋪屋廬舍，壹蕩而盡。
萬歷四十七年(1619年)，設水口渡。是年十月，彗星見於東南，墾長數丈，有如關刀，鄉人呼為“關刀星”。
萬歷四十八年(1620年)，縣奉文增派遼餉(軍費)，每畝以2厘7毫3絲6忽計，***派銀1035.5兩。同年又加征田賦，***銀1627.4兩。天啟六年(1626年)，每畝增至7厘3絲6忽，***銀2760.2兩。
崇禎四年(1631年)又增派遼餉，每畝9厘4毫3絲2忽，***銀3569.8兩。次年加派粵餉，每畝1厘3毫，***銀492.03兩。
崇禎二至五年(1629至1632年)，災荒嚴重，官府加租逼稅，激起多次民變。起義首領陳文、王觀松、陳萬、鐘淩秀、賴大總等，均在與官兵交戰中犧牲。
崇禎八年(1635年)，通查全縣煙戶，計有1.63萬余戶(按每戶4.5口計，則明末全縣約有73350人)。是年，知縣劉熙祚以本縣人文日盛，申請經批準升興寧為中縣，縣學定額歲、科二試各入學30名(取得入學資格者通稱秀才)。
崇禎十年(1637年)，全縣春大旱，夏大水。是年，知縣劉熙祚主修縣誌6卷，今存。
崇禎十四年(1641年)，劉熙祚在縣東西南北邊界加強關隘防守，加固城墻，加深城壕，並於四城門外築護城營房，養兵140名，按保、丁攤餉，以為給養，整頓保甲制度，嚴格編定戶籍，每10戶編為1甲。