區別：
1、宗教意義不同
由於道教固有的“天人相應”思想，流珠在人的身體當中也另有所指，如《上清黃庭內景經》雲：“若得三宮存玄丹，太壹流珠安昆侖，重重樓閣十二環，自高自下皆真人。”由此可知，道教的念珠在早期，尤其在上清宗的修持中，主要是內煉和充當法信之用。
佛珠在僧俗間的廣泛使用。本稱“念珠”，起源於持念佛法僧三寶之名，用以消除煩惱障和報障。通常可分為持珠、佩珠、掛珠三種類型
2、作用不同
道教經典黃庭經裏面，明確了流珠的使用方法，流珠是作為法器和法信使用。
佛珠是佛教徒用以念誦記數的隨身法具。
3、數量不同
念珠壹般是81顆，代表太上老君八十壹化。道教流珠的數目，蘊含了道教的宇宙觀念，如十二顆代表十二雷門，二十四顆代表二十四氣，二十八顆代表二十八星宿，三十二顆代表三十二天度人上帝，三十六顆代表天罡生煞之數，八十壹顆代表老君八十壹化，也代表九九純陽之氣。
佛珠壹般是108顆，代表除滅108種煩惱。宗教的不同和珠子數目的區別，賦予了念珠獨特的含義。
擴展資料：
道教經典《三元流珠經》中，以三百六十五顆珠子代表星宿運轉的度數。道教流珠的首珠是不可跨過的，因為代表諸星之首，諸星之首是北鬥，北鬥不可動，故得掉頭重新波動。
佛珠已經成為佛教徒的壹項重要標誌，但若溯其本源，佛珠並非佛教所創用。如古印度婆羅門教中的毗濕奴派，很早便有持珠的記載。
每串佛珠由壹個主珠、若幹其他的珠子和穿繩三部分組成。主珠代表著佛，穿繩代表著法，若幹其他的珠子代表著僧，佛、法、僧三寶都可以包含在壹串佛珠之中。所以，對佛珠要有恭敬心，如對聖容，收拾身心。所謂：守口攝意身莫犯，莫惱壹切諸有情。
參考資料：
佛珠—百度百科
流珠—百度百科