其實整個《黑客帝國2:重裝上陣》就是Neo探索任務背後真相的過程,他想為自己的行為找到壹個可以接受的理由。在最後壹集擊敗特工史密斯並救出墨菲斯後,尼奧和他的親密愛人崔妮蒂以及其他戰友壹起,乘坐“尼布甲尼撒號”宇宙飛船回到了錫安基地,地球上最後壹個人類據點。在那裏,他們和其他自由戰士聚集在壹起,包括莫斐斯的死敵內奧比·梅梅。此外,基地的政客們也上臺了。
這時,矩陣系統決定“先發制人”,出動25萬電子烏賊的軍隊,開始攻擊錫安基地。薄弱的基地防禦力量不足以對抗如此強大的機甲兵團。看來人類最後的香火也岌岌可危;莫斐斯,他們的飛船上當然有各種資料,自然少不了中國的電子版古書叫《左傳》、《史記》。尼奧曾經想到壹個“圍魏救趙”的好計劃,決定再次潛入母體,從內部摧毀,最終達到消滅機甲兵團的目的。