蒙藥種類繁多，資源豐富，且以植物藥為主。據文獻記載，內蒙古分布的種子植物和蕨類植物***計2351種，其中引種栽培的植物有184種，野生植物***2176種，分屬於133科720屬；野生藥用植物1122種，分屬117科1033種。此外藥用藻類1科2種，菌類24科68種，地衣5科7種，苔蘚11科12種。其中常用藥為104種，最常用藥78種，占全國最常用植物藥的36% 。
蒙醫常用藥有450余種，蒙醫專用260余種，本區自產藥材占30%。以清熱藥、祛巴達幹藥、抑赫依藥、祛黃水藥物為主。還有驅蟲藥、促使熱疾成型的藥物、殺粘藥、利尿逐水益腎藥、破痞去滯藥、止咳化痰藥、瀉下藥、止瀉藥、滋補強壯藥等17類。
蒙藥中有許多具開發利用價值的資源。如無患子科植物文冠果莖枝，是蒙醫專用藥。經過化學分析，鄧麗嘉予試其含有黃酮類、皂甙、揮發油、油脂、香豆素、甾醇及糖類，顧維彰等對不同產地的文冠木的成分對比分析，並從文冠木中得到兩種黃酮，即楊梅樹皮素與雙氫槲皮素。黃雅芳等從其乙醇提取物中分離到5種化合物，即雙氫槲取素、雙氫楊梅樹皮素、表兒茶粉、表沒食子兒茶精和壹種結構未知的化合物。毛莨科植物北草烏的幹燥葉，顧維彰等從其中分離得烏頭堿、次烏頭堿、新烏頭堿、去氧烏頭堿及北草烏堿。漆樹科植物南酸棗的幹燥成熟果實中，鄧麗嘉等從其中得到黃酮、有機酸、甾醇、揮發油、香豆素、糖和酚性成分。木犀科植物賀蘭山丁香的根中。周長風等經予試得到揮發油。油脂、甾體、萜體、酚性成分、蒽醌、香豆素、氨基酸、蛋白質及糖類。菊科植物萵苣的種子，鄧麗嘉等從其中得揮發油、黃酮類、氨基酸、肽蛋白質、酚性成分及糖類。漏蘆的花，經顧維彰等分析，花中含有揮發油、黃酮類、植物甾醇、三萜類及糖類等。劉國聲報道內蒙古紫草含B、B－二甲基丙烯酰紫草素為1．21%，含量高於紫草等等。又如：廣棗（珠如很芍沙），具有清心火，強心之功效；經其藥理分析，具有治療冠心病、心律失常之作用。蒙古山蘿蔔花（胡和?烏達巴拉），具清熱之功效，經藥理研究具有顯著強心作用。山沈香（阿拉善阿嘎如），具抑赫依、清熱、止痛、利呼吸之功效；經現代藥理研究具有壹定的抗驚厥作用，對中樞神經有明顯的抑制作用，並有顯著的鎮痛作用。蓽茇（必必靈）有調理胃火、祛巴達幹赫依、調節體素、滋補強壯、平喘、祛痰、止痛功效；經動物實驗，其揮發油具有耐缺氧和保護實驗性急性心肌缺血作用。白苣勝其揮發油有顯著的利尿作用，其總黃酮對心血管方面有良好的作用。文冠木（僧登）具有清熱消腫、止痛之功效。經研究其總黃酮具有顯著的鎮痛與抗炎作用。另外還有白龍菖菜、芯芭、小檗、紫花高烏頭、金蓮花等。這些資源具有壹定的開發利用價值。其中部分資源已開發或正在開發利用。
內蒙古蒙藥最豐富的地區是東部山地，特別是大興安嶺燕北山地，而主要的內蒙古大宗藥材主要分布於廣大草原和荒漠地帶。
據調查和有關資料，內蒙古蘊藏量較大的主要植物藥有：麻黃、甘草、苦豆子、茵陳、苦杏仁、柴胡、側柏、油松、旋覆花、鎖陽、仙鶴草。其次有赤芍、黃芩、苦參、黃精、玉竹、升麻、黃芪、桔梗、益母草、蒼耳、漏蘆花、遠誌、葶藶子、枸杞子、秦艽花、卷柏。還有灰蓉、郁李仁、馬勃、硬紫草、香青蘭、草烏、翟麥、鐵線蓮等。另外，還具有壹定量的鹿茸、牛黃等動物藥和余糧土、麥飯石等礦物藥。
蒙藥用植物是內蒙古重要的生物資源，開發利用這項資源有兩個主要目的。壹是尋求防病治病，保障人民健康的新藥；另壹個是利用資源得到最佳經濟效益。在這方面內蒙古多年來作了不少工作，積累了壹些經驗，在此基礎上探索到壹些循之有效的途徑，更進壹步開發利用這壹生物資源，造福人類便是擺在全體醫藥工作者面前的首要任務。 通過國內各民族及中外經濟、文化交往，醫藥科學的聯系與交流，這壹時期的蒙醫藥學具備了完整的醫藥理論體系，而且積累了極為寶貴的臨床經驗和豐碩的學術成果。當時，許多蒙醫藥學家將漢、茂醫藥學著作，為蒙醫藥學基礎理論的發展奠定了基礎。其中有代表性的是：17世紀著名蒙醫藥學家占布拉著《醫法海鑒》壹書，記述了蒙醫治療各科疾病的方藥，是壹部較完整的蒙藥方集。18世紀蒙醫藥學家松巴，堪布，伊喜巴拉珠爾著《甘露滴珠》、《甘露醫理》、《甘露臨證鑒別論診療集》、《識藥晶鑒》等壹整套蒙醫藥著作。還有蒙醫藥學家洛布桑、索勒日哈木木著《脈訣概要》、《巴莎森制藥法》、《藥物識別》等著作。19世紀蒙醫藥學家占布拉道爾吉著《蒙藥正典》壹書。***收集了879種藥物，***附有576幅插圖。還有著名蒙醫藥學家羅布桑全普樂，全通過壹生的臨床實踐，較全面地總結了前人的經驗，著有《實用蒙醫藥學》壹書。19世紀未至20世紀初，蒙醫藥學發展到壹個新的階段，先後湧現出許多醫藥學家和蒙醫藥學專著：如著名蒙醫藥學家化日格丹達爾著有《訶黎勒晶珠醫藥學鑒》、《增補醫療解釋》等。庫西卡編著了《蒙醫驗方集》，並附蒙、藏、漢、滿四體合璧的蒙藥名錄；伊希丹森旺吉勒編著了《紅珊瑚方劑》；吉格木德丹森紮木落編著了《普東方》；敖斯爾編著了《醫方與手法》；阿格旺隆日格圖布丹尼瑪編著了《珊瑚珠方》等。這些著作的出版使蒙醫藥學日趨完善，逐步形成了具有鮮明北方民族醫藥特點和地域特點的近代蒙藥學。為保障北疆各族人民的健康及蒙古族的繁衍生息作出了貢獻。
中華人民***和國成立後，黨的民族政策和中醫（民族醫）政策，促進了蒙醫藥事業的迅速發展。在內蒙古廣大牧區及部分農區，普通建立了蒙醫醫院，使蒙醫藥在醫逆境保健上發揮了重要作用。廣大蒙醫藥工作者在防治常見病、多發病、地方病及疑難病方面都取得了很大成就。內蒙古自治區部分盟市先後建立了壹批蒙醫藥科研機構，在系統理論、藥物、臨床等方面的研究都取得了顯著成就，自治區還建立了蒙醫高等院校，蒙醫中等專業學校，培養了大批新型蒙醫藥人才，使蒙醫藥學的發展後繼有人。近年來。廣大蒙醫藥工作者廣泛地搜集各地的蒙藥方劑。對全區各地的蒙藥資源進行了普查，開展了采、種植、用的活動，並加強了科學研究工作。同時建立了規模較大的現代化蒙藥制藥廠，以滿足區內外的需要。