《方言與中國文化》（周振鶴、遊汝傑著），上海人民出版社，1986年10月。
《西漢政區地理》，人民出版社，1987年8月。
《體國經野之道》（百家文庫），香港：中華書局，1990年9月。
《中國歷代行政區劃的變遷》（中國文化史知識叢書），中***中央黨校出版社，1991年11月；商務印書館，1998年11月。
《中華文化通誌·地方行政制度誌》，上海人民出版社，1998年10月。
《中國地方行政制度史》，上海人民出版社，2005年8月。
《方言與中國文化》（周振鶴、遊汝傑著），上海人民出版社，2006年6月第2版。
《中國行政區劃通史·總論 先秦卷》（周振鶴、李曉傑著），復旦大學出版社，2009年1月。
《體國經野之道》，上海書店出版社，2009年3月。
《中國歷代行政區劃的變遷》（中國讀本），中國國際廣播出版社，2010年1月。 《周振鶴自選集》，廣西師範大學出版社，1999年1月。
《學臘壹十九》，山東教育出版社，1999年7月。
《長水聲聞》（三十年集），復旦大學出版社，2010年8月。 《隨無涯之旅》，生活·讀書·新知三聯書店，1996年11月。
《逸言殊語》，浙江攝影出版社，1998年6月。
《中人白話》，華東師範大學出版社，2001年1月。
《知者不言》，生活·讀書·新知三聯書店，2008年7月。
《逸言殊語》（增訂版），上海人民出版社，2008年8月。
《余事若覺》，中華書局，2012年3月。 《王士性地理書三種》，周振鶴編校，上海古籍出版社，1993年4月。
《聖諭廣訓：集解與研究》，周振鶴撰集、顧美華點校，上海書店出版社，2006年3月。
《漢書地理誌匯釋》，周振鶴編著，安徽教育出版社，2006年6月。
（明）王士性撰：《五嶽遊草·廣誌繹》，中華書局，2006年7月。 《中國歷史文化區域研究》，復旦大學出版社，1997年9月。
此外還主編有《上海歷史地圖集》、《中國行政區劃通史》、《來華基督教傳教士傳記叢書》。 1.漢武帝朝鮮四郡考，歷史地理第四輯，上海人民出版社，1984
2.象郡考，中華文史論叢，1984年第3期
3.方言地理與歷史行政地理的關系，復旦學報，1984年第3期（合作）
4.湖南省方言區劃及其歷史地理背景，方言，1985年第4期（合作）
5.秦漢宗教地理略說，中國文化第3輯，復旦大學出版社，1986
6.西漢縣城特殊職能探討，歷史地理研究第1輯，復旦大學出版社，1981
7.唐代安史之亂與北方人民的南遷，中華文史論叢，1987年2-3期
8.從北到南與自東徂西——中國文化地理差異的考察，復旦學報，1988年第6期
9.中國歷代移民大勢與漢語方言地理關系，國外人文地理，1988第1期
10.秦壹代為四十八郡說，歷史地理第8輯，上海人民出版社，1990
11.現代漢語方言地理的歷史背景，歷史地理第9輯，1990
12.行政區劃改革應該註意的幾個問題，中國民政，1990年第4期
13.方誌所見16-19世紀上海方言，顧頡剛紀念論文集，巴蜀書社，1990
14.新聞史上未被發現與利用的壹份重要資料——評介範約翰的《中文報刊目錄》，復旦學報，1992年1期
15.王士性地理學思想及其影響， 地理學報，1992年第1期
16.明代衛所屯田的典型實例，中華文史論從，第51輯，1993
17.壹九壹三年俄人波列伏依的中文報刊目錄，出版史料，1993年第3期
18.漢郡再考，文史集林，第1輯，上海遠東出版社，1994
19.地戲起源臆測，道儒佛思想與中國傳統文化，上海人民出版社，1994
20.日本外務省對中國近現代報刊的調查資料，復旦學報，1994年第6期
21.假如齊國統壹天下，二十壹世紀，1995年第2期
22.新舊漢簡所見縣名和裏名，歷史地理，第12輯，上海人民出版社，1995
23.歷史上行政區劃的等第變遷，中國方域，1995年第2期
24.中央地方關系史的壹個側面——中國歷史代地方政府層級變遷的分析，復旦學報，1995年3-4期
25.別琴竹枝詞百首箋釋——洋涇浜英語研究之壹，上海文化，1995年第3期
26.從漢代“部”的概今來理解縣鄉亭裏制度，歷史研究，1995年第5期
27.正眼看世界的第壹人——紀念徐繼畬誕辰二百周年，中國研究，1996年第1期
28.客家源流異說，學術月刊，1996年第3期
29.秦漢風俗區劃淺議，歷史地理，第13輯，上海人民出版社，1996
30.“存史”應是評判方誌質量的主要標準，上海修誌向導，1996年第4期
31. 中國古代劃分行政區劃邊界的兩大原則，中國方域，1996年5-6期
32.十九二十世紀之際中日歐語言接觸研究——以歷史、經濟、封建三譯語為說，傳統與現代化1996年6期
33.中國歷代行政區劃幅員的伸縮變化，中國方域，1997年1-2期
34.日本文化的幸與不幸，復旦學報，1997年第3期
35.從“九州異俗”到“六合同風”——兩漢風俗地理區劃的變遷，中國文化研究，1997年第4期
36. 縣制起源三階段說 , 中國歷史地理論叢，1997年第3期上，後收入1999年出版的《周振鶴自選集》
37.官紳新壹輪契約——論清末的廢科舉興學堂的社會文化背景，復旦學報，1998年第4期
38.同時代的人對容閎的看法，浙江社會科學，1999年第6期
39.晚清上海書院西學與儒學教育的進退，華東師範大學學報（哲學社會科學版），1999年第5期
40.《遐爾貫珍》中的壹些過渡性的地理學術語，詞庫建設通訊（香港）第19輯，1999年3月
41.澳門與MACAO得名緣由，辭海新知，第2輯，上海辭書出版社，1999年6月
42.建構中國歷史政治地理學的設想，歷史地理，15輯，1999年10月
43.家譜與文化地理研究，中國牒譜研究，上海辭書出版社1999年9月
44.《六合叢談》綜述，中華文史論叢，第61輯，上海古籍出版社
45.行政區劃史研究的基本概念與學術用語芻議，復旦學報(社會科學版)，2001年第3期
46.早稻田大學所藏《西域水道記》修訂本，中國典籍與文化，2001年第1期
47.行政區劃史研究的重要意義，上海行政學院學報，2001年第2期
48.歷史學：在人文與科學之間?，復旦學報(社會科學版)，2002年第5期
49.《二年律令·秩律》的歷史地理意義，學術月刊，2003年第1期
50.中國洋涇浜英語最早的語詞集，廣東社會科學，2003年第1期
51.從明人文集看晚明旅遊風氣及其與地理學的關系，復旦學報(社會科學版)，2005年第1期
52.秦代洞庭、蒼梧兩郡懸想，復旦學報(社會科學版)，2005年第5期
53.持渡書在中日書籍史上的意義——以《戌番外船持渡書大意書》為說，復旦學報(社會科學版)，2007年第3期
54.東西徘徊與南北往復——中國歷史上五大都城定位的政治地理因素周振鶴華東師範大學學報(哲學社會科學版)，2009年第1期
55.“脫亞入歐”的虛與實——對日本前近代社會的斷想，復旦學報(社會科學版)，2011年第2期
56.中國印刷出版史上的近代文獻述略，中國典籍與文化，2011年第2期
57.和刻本漢籍與準漢籍的文化史意義，中國典籍與文化，2012年第1期