中醫藥事業是關系到國計民生的大事，近百年來對中醫藥問題的爭論從來沒有停止過，自從?中醫的基礎理論?陰陽五行是偽科學?和?要將中醫退出現行的醫療體制?等爭議發起後，引起了軒然大波。在普通公眾的眼中，科學好比是正確和有效的代名詞，有人說中醫的基礎理論?陰陽五行是偽科學的說法，自然引起了中醫支持者的強烈反對，但中醫與科學的關系到底是怎樣的？科學的特性與中醫理論的基礎有著什麽樣的聯系？中醫理論的基礎對中醫藥事業的發展之路又有什麽樣的影響呢？
中醫學的基礎理論主要包括陰陽、五行、運氣、臟象、經絡等學說，以及病因、病機、診法、辨證、治則治法、預防、養生等內容。陰陽是中國古代哲學範疇，中醫學運用陰陽對立統壹的觀念來闡述人體上下、內外各部分之間，以及人體生命活動同自然、社會這些外界環境之間的復雜聯系，陰陽對立統壹的相對平衡，是維持和保證人體正常活動的基礎，如平衡失調和破壞，則導致人體疾病的發生發展，影響生命的正常活動。五行學說用木、火、土、金、水等五個哲學範疇來概括客觀世界中的不同事物屬性，並用五行相生相克的動態模式來說明事物間的相互聯系和轉化規律。中醫學主要用五行學說闡述五臟六腑間的功能聯系及臟腑失衡時疾病發生發展的機理，也用以指導臟腑疾病的治療。由此可見，中醫學的立足基礎屬於哲學範疇，其基礎是陰陽五行。
之所以稱陰陽五行只是哲學而不是科學，原因在於它不遵守?客觀、邏輯、實證、可重復檢驗?等科學的方法與規則，也不具備科學理論的?排它性?和?可證偽性?，在面對人類的疾病這種非常客觀的東西時，不能根據陰陽五行理論得出壹個?排它性?的解釋，究竟什麽是失調、什麽是太盛、什麽是不和、什麽是虛實？也沒有壹個能夠量化的標準，對待同壹個患者，王中醫說脾胃不和，可李中醫說和的很呢，兩人依據都是同壹個陰陽五行，但誰對誰錯莫衷壹是。
近年來，國家大力扶持中醫藥事業的發展，支持祖國傳統醫療的發展，中醫是壹個完整的醫療體系，其理論體系是博大和復雜的，它有著自成壹體的認識方法，當然不能簡單地以中醫理論不是科學而斷然否定它，中醫理論是否是正確和可靠的，關鍵在於它是否得到了實踐的檢驗。可以設想，如果使用與科學不相容的中醫理論來認識和指導對疾病的診斷和治療，並且得到了可靠的正面結論，那當然是對中醫理論的肯定，同時也是對科學的補充和修正，如何對中醫藥理論有效性進行檢驗就成為關鍵的問題。
千百年來，中醫在中國的歷史長河中衍生至今，未被歷史淘汰。在西醫傳入中國之前，壹直都是中醫在國內治病救人。中醫不是萬能的，不能因為它不是包治百病就否認其實效性和科學性。中醫的傳承需要繼承，也需要創新。古籍記載的中醫理論也並不是完全正確的，需在臨床實踐中摸索，經過壹代壹代的醫家不斷努力，不斷修正，不斷完善中醫理論體系。雖然，目前中醫的發展道路出現曲折，但是，我們相信，中醫依舊可以乘風破浪，馳騁在歷史長河中，壹代壹代的傳承，發展，發揚光大。