隨著統壹戰爭的不斷擴大，牛錄編設的增多，為適應多兵力、大規模作戰統壹指揮的需要，努爾哈赤將五牛錄（實際大多不止五個）組成壹個甲喇，在由五個甲喇組成壹個固山，即旗。並以八種不同形式的旗幟作為標誌，行軍戰鬥；生產勞動；行政管理均為壹個固定單位。旗是八旗制度中的最高組織形式，也是最大的軍事編制。
起初，努爾哈赤壹人直接指揮各牛錄兵作戰，沒有旗壹級的組織。隨著軍隊的擴大，出於戰爭包抄戰術的需要，遂分成兩、四路，各以不同旗幟導引，逐漸固定化。便形成了開始的四旗。清《高皇帝實錄》中記載：“初設有四旗，旗以純色為別，曰黃曰紅曰藍曰白，至是添設四旗，參用其色鑲之，***為八旗。” 清代檔案中所記載的八旗創建時間並不完全壹致，給後人留下了不少疑點。實際上，八旗制度的創制和發展經歷了壹個長達五十余年的過程，可以分為初制、建制和定制三個階段。即從牛錄到四旗，從四旗到八旗，再從八旗到二十四旗。可以說，萬歷十壹年（關於1583年）努爾哈赤起兵不久，滿族的軍隊就有了牛錄組織。萬歷二十九年（公元1601年）正式整編牛錄，建立四旗。萬歷四十三年（公元1615年）正式整編八旗，建立八旗制度。滿洲八旗建立後，又建立蒙古八旗，再建立漢軍八旗，從而使八旗制度完善。努爾哈赤創建的八旗制度，將國家的中樞機構與基層的牛錄組織有機地聯系起來，從而把星散於深山密林間的滿洲臣民組成壹個社會軍事化、軍事社會化的新型社會結構。這種社會結構把生產力低下、文化落後的滿族人高度有效地組織起來，使建州女真從原始部落邁入了國家社會。這是滿洲社會崛起的壹個關鍵。
八旗制度建立之初,實質上是壹種軍政合壹的社會組織形式,兼有軍事!行政和生產三方面的職能,即“出則為兵,入則為民”,耕戰二事,未嘗偏廢,對推動滿族社會經濟的發展,強化各族人民的統治起到了積極的作用。努爾哈赤把從戰爭中俘獲的人統壹起來,規定每300人編壹牛錄,每
牛錄置壹牛錄額真(佐領)；每5個牛錄立壹甲喇額真(參領)；每5個甲喇組成壹個固山(旗),固山是滿洲戶口編制的最大單位。每壹個固山,各有壹個專用的顏色做旗幟。八旗戶口每三年調查壹次,不許旗外的人假冒入冊,也不許旗下人遠離本人所屬的牛錄居住。隨著吞並漸廣,糾合漸眾,除女真諸部統壹外,大量的漢人、蒙古人和其他少數民族紛紛歸降,從1615年清太祖努爾哈赤創建八旗制度,到1635年清太宗皇太極編設八旗蒙古,1642年編設八旗漢軍。
八旗主要分為滿八旗、蒙八旗、漢軍八旗，滿八旗是努爾哈赤的手筆，也是滿族入關前的政治制度、文化系統、社會基礎。蒙八旗和漢軍八旗則是皇太極即位之後的手筆，只是蒙八旗制度松散，而且蒙古內部因為漠南、漠北蒙族互相掣肘，對於滿洲入關起的作用，壹度不如漢軍八旗來得重要。
努爾哈赤在萬歷四十三年（1615）建立八旗（八固山）制度，以300丁為壹牛錄，五牛錄為壹甲喇，五甲喇為壹固山，即壹旗，實際上，八旗人數時有增減。牛錄（滿語，意即大箭）最初是每10丁為壹牛錄，首領稱牛錄額真，額真是滿語，漢語稱佐領。無論出戰還是打獵，則都以牛錄為單位，這就為滿洲社會和軍事系統初步奠定了基礎。萬歷二十九年（1601）努爾哈赤鑒於各部族因為人數多寡不壹，人員素質也不同，因此對於牛錄制度進行了第壹次整編。他將每牛錄擴充到300人，因此佐領下又設兩個副手，滿語稱“代子”；同時每牛錄分為四個達旦，每達旦由壹個章京（滿語，意即書記官）和壹個撥什庫（滿語，意即領催）管理，這時，滿洲軍隊的編制基本成形了。旗丁中按照身份地位，分為阿哈、披甲人、和旗丁三種。阿哈即奴隸，多是漢人、朝鮮人；披甲人是降人，民族不壹，地位高於阿哈；旗丁是女真人。
努爾哈赤大約有40個左右的牛錄，也就是掌握12000余人的部隊，在當時關外算是極大的屏α恕?0個左右的牛錄都是由努爾哈赤的兄弟親戚將領。後來努爾哈赤殺胞弟述爾哈奇和長子褚英之後，事權更加統壹，同時努爾哈赤也認識到僅僅以牛錄為單位，容易造成權力分散的流弊。他便著手建立八旗制度。1615年即萬歷四十三年，努爾哈赤建立了八固山制度。固山的人員編制我上面已經介紹了。牛錄官員編制不變，每甲喇設壹到兩名甲喇額真，每旗設壹固山額真，配有兩名梅勒額真。固山額真之上還有壹個旗主額真，又稱為和碩貝勒、固山王。他才是壹旗的真正主宰者。
八旗制度也可以說是努爾哈赤為了政治需要而創立的。之後因為戰事需要，努爾哈赤強化君權，將八旗的編制再因為政治需要而重新做了分配。便有四大貝勒四小貝勒的說法，四小貝勒也因為政治利益的不斷重新分配而時時產生改變。比如天命六年（1621），四小貝勒為德格勒，濟爾哈郎，阿濟格、嶽托，到天命十壹年的時候，四小貝勒就只剩下三人，分別為阿濟格、多爾袞和多鐸，而皇太極將領正白和鑲黃兩旗。同時，上下旗的制度也是這時確立下來的，只是主旗貝勒的地位並不因為上下旗而有差別。侍衛皇室的人稱朗衛，且必須是出身鑲黃、正黃和正白上三旗的旗人。