關於努爾哈赤的死因，史學界壹直眾說紛紜，爭論的焦點主要是他是被袁崇煥的炮火所傷而死於抑郁癥，還是死於中毒性壞疽。
生老病死論出自《清史稿》。據記載，天命十壹年，“七月秋不上學”，八月午後，上大學，乘船歸來。耿旭，心愛的雞堡，在崩塌。"
重傷與死亡來自朝鮮人李的《春坡堂日月錄》。據書上說，朝鮮翻譯家韓源第二天隨團來的時候，碰巧遇到了袁崇煥。袁很喜歡他，在寧遠大戰的時候把他帶在身邊，所以韓源能夠親眼目睹戰役的全過程。寧遠之戰後，袁崇煥曾派帶著禮物的使節到後金營寨向努爾哈赤“賠禮道歉”，說“老將(據:指努爾哈赤)橫行天下已久，今日被小子(據:指袁崇煥)打敗，不勝枚舉！”努爾哈赤“先受重傷”。這時，他準備禮物和名馬答謝，要求約會再戰，最後“因其尷尬而死”。這份史料清楚地記載了努爾哈赤在寧遠之戰中“身負重傷”，而且因為寧遠的戰敗，他也精神上受到了創傷，整天不沾沾自喜。在身心受創的情況下，這位戰場老兵最終抑郁而死。
但在《滿清的興起與大清帝國的建立》壹書中，清史專家李洪斌對努爾哈赤槍傷致死的關鍵證據《春珀堂日月錄》提出了質疑，並提出了第三種觀點，即“怒死”。
疑點壹:既然朝鮮翻譯官韓元先知道努爾哈赤“重傷”，那麽鎮守寧遠的最高統帥袁崇煥應該更清楚，更何況袁崇煥還派使節到後金大營視察。如果努爾哈赤真的“重傷”，那當然是袁崇煥的壹大功勞，也是明軍的壹大勝利。不僅是袁崇煥本人，朝廷各級官員、文武百官都會就此事寫下壹部巨著，以鼓舞軍民士氣。但無論是袁崇煥本人對寧遠勝利折報，還是朝廷對袁崇煥聖旨的表彰，還是朝臣對袁崇煥在寧遠勝利表現的祝賀，都沒有提及努爾哈赤的傷勢，顯然是後人說的。
疑點二:努爾哈赤兵敗寧遠，1626年正月，八月二十日卒，其間八個多月過去了。據大量史料記載，在這八個月裏，努爾哈赤不是去治病，而是“整修船車，試練火器”，去“遠側射甲”，積極準備再次進攻寧遠，以報昔日之仇。四月，率大軍征蒙古喀爾喀，“入新羅木輪，得其牲畜”。5月，毛攻打鞍山，後方吃緊，於是回到沈陽。六月，蒙古科爾沁部的巴洪太極來朝，他親自“出境十裏迎接”，不像任何人“身負重傷”。
因此，李洪斌認為，努爾哈赤在寧遠之戰中是否“身受重傷”，是否“陣亡”值得懷疑。
李洪斌認為，努爾哈赤回到沈陽後，因為寧遠戰敗，這位赫赫有名的沙場老將被早期的年輕將領打敗，精神受到創傷，終日郁郁寡歡；二是因為年紀大了，身體虛弱，在戰場上馳騁久了，鞍馬累了。同年7月中旬，努爾哈赤患壞疽，並非槍傷，23日到清河湯泉休養。8月7日，他的病情突然加重。5天後，8月11日，他乘船順太子河而下，轉渾河，與前來迎接他的長公主烏爾那拉會合，前往距沈陽40裏的老吉堡，與世長辭。
公元1629年(崇禎二年)，袁崇煥雖然可以用東江毛牽制清軍，但毛花了太多的錢和糧食。袁崇煥上書要求朝廷派人管理毛的俸祿，而毛不喜歡有壹個平民制作人監督自己，於是上書據理力爭。然後毛來拜訪袁崇煥，袁崇煥把毛作為上賓接待，而毛又不謙讓，於是袁崇煥決定殺了毛。
公元1629年(崇禎二年)十壹月，清朝皇帝調兵數十萬，分別進入龍井關和大安口。袁崇煥聽說，便引祖大壽、何入關鎮守，途經冀州、阜寧、永平、遷安、、玉田諸城，皆分而留守。朱由檢得知後非常高興，於是下令獎勵袁崇煥的部下，讓袁崇煥負責指揮全國各地的援軍。
但沒過多久，遵化、三屯大營都被清軍攻破，趙率教也在遵化之戰中陣亡。省長王元亞和連長朱自殺了。清軍向西越過冀州，作為首都，袁崇煥忙著領兵押解首都。朱由檢召見袁崇煥，並賞賜袁崇煥皇家餐桌和貂皮大衣。袁崇煥帶著軍隊長途跋涉，疲憊不堪，請求入城休息，但遭到拒絕。於是袁崇煥駐守城外，與清軍交戰，互有勝負。袁崇煥令戴承恩在廣渠門列陣，祖大壽在南面列陣，王在西北面列陣，袁崇煥在西面列陣，準備出征。午時，清軍騎兵從東南進攻，祖大壽領兵苦戰，王退兵避戰於南。清軍與祖大壽作戰，所以撤退了。明率劉應國、羅等人追擊，殲滅清兵千余人，明軍死傷慘重。撤退之後，朱由檢皇帝用酒和食物獎勵軍隊。袁崇煥派任守忠帶領500人用火攻清軍大營，清軍撤退，京都的勢力就這樣解決了。
但清軍撤退後，袁崇煥被判有罪。當初清軍入關是在冀遼丞相劉策的管轄之下，但是袁崇煥得知清軍入關，與京師相匹配，於是千裏迢迢趕來救援，以為自己是無辜的，但是朝中很多大臣都認為是袁崇煥讓清兵入關的，於是汙蔑袁崇煥與清軍勾結，朱由檢皇帝對此也非常懷疑。這時清軍也設計離間，說袁崇煥與清軍有密約。十二月，朱由檢囚禁了袁崇煥。
魏忠賢的追隨者王永光、、袁宏勛、等人欲借機為魏忠賢報仇，以袁崇煥與清軍媾和、擅自殺害毛為由，判其死刑。1630年(崇禎三年)八月，袁崇煥被處死，家人被流放三千裏，財產被沒收。
袁崇煥的事跡和言論，幾百年來壹直爭論不休。正如孟森在《明本兵梁廷棟請伐袁崇煥原後記》中提到的，明末的史書記載非常混亂，連與他們耳目有關的都特別復雜。其中，爭議的焦點主要是袁崇煥是否殺害了毛並背叛了明政府。
被稱為明末清初五大家之壹的朱舜水參與了"反清復明"活動。袁崇煥在《朱舜水集》壹書中被稱為“漢奸”。明末將領許也認為，袁崇煥表面上是為和平而戰，實際上是想通過活捉並殺死毛來取信於清廷。清朝學士張認為袁崇煥殺了明朝的毛，紀認為袁崇煥雖然死了，但他列舉了十二條罪狀去殺毛，就像用十二塊金牌殺了嶽飛壹樣。
葉恭綽等人給毛澤東的信和毛澤東的回信
清朝乾隆皇帝覺得袁崇煥的死值得惋惜。民國初年，梁啟超在《袁崇煥傳》中對袁崇煥大加贊賞，認為他是壹個能影響國家安全和民族興衰的人物。1952年，北京正在進行大規模的城市重建，等人聯名上書，要求保護袁墓。毛澤東在回信中稱袁崇煥為“明末愛國領袖”。
袁崇煥因為作風問題，曾經讓看重他的孫承宗怒不可遏，聲稱要活捉並殺死毛的正是袁崇煥。他的同事王在進認為袁崇煥雖然死於國法，但他的貢獻不能被淹沒，但同時他也認為袁崇煥的死是自殺。