琉球族的起源眾說紛紜，學術界上還沒有確切的定論。其中有壹種說法稱琉球族是百越的後代。在《越絕書》中，百越分為“內越”和“外越”兩支。秦朝滅亡六國之後，獨外越不服，乘船避難於海上。秦始皇不得不調天下罪人赴東海，防備外越。由於秦朝的防備極其嚴厲，外越只能出海另謀生路。有中國學者認為，東海外越中的壹部分可能到達臺灣、琉球和日本九州島南部，成為臺灣原住民、琉球族和大和族的祖先。
西方學者則提出了壹種說法，認為上古時代的琉球族與印尼或澳洲的原住民同源，屬馬來人的分支。而日本學者則認為琉球人與阿伊努人、大和族同源。
還有壹種說法認為琉球族自日本列島遷入，為日本人的壹個分支。此說法被稱為“日琉同祖論”。在日本僧人所撰的《鎮西琉球記》和另壹部曲亭馬琴所著的日本小說《椿說弓張月》中，提到了日本鎮西八郎源為朝在保元之亂後逃往琉球的故事。琉球攝政向象賢所編撰的《中山世鑒》亦稱琉球舜天王是源為朝在琉球所生的兒子。此後的《中山世譜》系由《中山世鑒》漢譯而成，亦沿用了這種說法。因《中山世鑒》官修史書的地位，日琉同祖論為許多日本人和壹些琉球人所接受。壹些著名的琉球人，如向象賢、向有恒、伊波普猷等，是日琉同祖論的支持者。但日本的《保元物語》中沒有提到源為朝渡琉壹事，而《中山世鑒》編撰之時琉球已淪為日本薩摩藩的附庸國，因此有人認為此事系杜撰。中國學者陶元珍亦是日琉同祖論的著名反對者，稱“琉奸向象賢偽造出日人源為朝乃舜天王之父的謬說”，“實極可恨”。
而在日本江戶時代，又有另外壹種“日琉同祖”的說法，認為琉球人也是中國古籍中所提到的“倭人”的壹支。這種說法於1719年由新井白石提出。在《南島誌》的總序裏，認為《山海經》與《海外異記》二書中提到的“南倭”即是琉球，並以壹些琉球的歌謠和古語進行論證。在寫於1781年的《沖口發》中，藤貞幹更是認為琉球惠平也島的天孫嶽（クマヤー洞窟）是日本神話中“天孫降臨之地”，神武天皇由該島出發進行東征。此種說法誕生後，立即受到其他學者的質疑。本居宣長在其著作《鉗狂人》（1785年）中，對此說法進行反駁。