朝鮮王朝前期，國王主要使用景福宮，較少使用昌德宮。朝鮮的偉大祖先李成桂就是在昌德宮去世的。成宗皇帝和閻善君來到朝鮮後，昌德宮的使用變得頻繁起來。萬歷二十年(1592，朝鮮宣祖二十五年)，日軍大規模入侵朝鮮，清德宮、長庚宮連同主宮景福宮都被燒毀。後來，在朝鮮和明朝軍隊的協助下，平定了日本在南京的叛亂。朝鮮玄祖回到首爾後，沒有重建景福宮或清德宮，而是將月山大君府作為臨時宮殿，稱為慶雲宮(今德壽宮)。廣海軍即位後，闕宮的重建仍被提上日程。由於景福宮規模過大(782座宮殿)，財力有限，優先重建較小的清德宮(238座宮殿)。萬歷三十七年(1609，廣海軍元年)，廣海軍重修常德宮。不過這個新宮殿反正也是在仁祖被燒毀的。順治四年(1647，仁祖二十五年)，常德宮再次重建。於是，廣海軍在王人山腳下為仁木公主修建的仁慶宮被拆除，大部分大殿被拆除，建成常德宮。
據《修常德宮知事禮》記載，仁祖王朝重修常德宮時，將仁清宮的鄭光殿遷入常德宮的鄭玄殿，仁清宮的慶壽殿和鄭弘殿遷入常德宮的大造殿，和政殿遷入鄭茜殿。此外，仁清宮中的清濟殿移至寶卿殿，清瓦殿移至童鳴殿，武夷堂移至陽和殿，青雲殿移至顏夕殿，先軫殿移至延慶殿，守律殿和邊邊部移至景春殿，守壽殿移至漢仁閣，正順殿移至城光樓，仁德殿移至太和殿，清寧殿移至。拆除紅正門南月廊，修建任政堂東月廊。此外，還拆除了仁青宮的其他廳堂和門廊，修建了楚成殿(太子的東宮，在英祖時期被燒毀後沒有重建)、雨花殿、冉靜殿、燃竈、燭室、別見殿等建築。萬歷四十六年(1618，廣海軍十年)，朝鮮王朝的主宮由青雲宮移至昌德宮。在接下來的250年裏，清德宮取代景福宮，壹直作為朝鮮的主要宮殿使用。仁祖時期，與權臣金子殿勾結的後宮趙貴人，曾將從墓地挖出的孩子屍骨和樹木埋在常德宮和長慶宮，詛咒王世子的孝子李浩和皇後莊烈，好讓兒子登基。因此，朝鮮孝宗即位後，對昌德宮和昌慶宮進行了修繕工程，並拆除了兩宮所有大殿內的溫度凸起(地炕)，重新換土，重新鋪殿磚。工程於順治九年(1652，韓國孝三年)2月16日開工，3月25日結束。由於預算不足，招募了2000名僧人，分配到仁清宮和關帝廟參加清理工程。由於不斷挖掘地下惡毒汙穢的東西，工程結束後很久，朝鮮的孝都沒有回到這裏的宮殿，而是住在了青雲宮。
為供養慈禧大公主，順治十壹年(1654，孝宗五年)修繕了常德宮的守經殿，拆除了清德宮(今清溪宮)的秦鏡閣、鄭起殿、郫縣閣、關文閣、謝赫樓、程輝樓、玉藻殿、萬象樓等建築。康熙四十三年(1704，韓國宿松三十年)，在常德宮後花園建大報壇祭拜明帝。朝鮮開國時，張奎館建在昌德宮後花園的周和樓，是著名的皇家圖書館。
嘉慶八年(1803，朝鮮淳祖三年)12月13日晚，用於處理日常政務的昌德宮便民殿——鄭玄殿西行走廊發生火災，火勢蔓延至鄭玄殿和昌德宮正殿——任政殿，威脅到任政殿西面供奉古代國王於震的軒轅殿。這場大火對國王的長公主金王後打擊很大，大火後她停止了十五天的聽政。嘉慶九年(1804，淳祖四年)，八月重修任政堂，四個月後竣工。嘉慶二十五年(1820，淳祖二十年)繪制了東闕圖，成為唯壹全面描述常德古代宮殿的影像資料。
道光九年(1829，春祖二十九年)，八月壹日中午，長庚宮在為小明太子舉行葬禮時發生火災。在籌集重建昌景宮的資金時，道光十年(1830，春祖三十三年)十月十七日昌德宮發生火災。火勢從睡堂大樓開始，蔓延至西正堂、成光樓、景訊館、雨花堂、養心閣、隆慶軒、幸福軒、奇正閣、寂靜堂、克歲齋、青香閣、吉祥門、觀光廳、燃竈、航閣門。這是日本在Nonchen叛亂後，朝鮮皇宮發生的最大火災，所有內宮區域化為灰燼。此時春祖住在清溪宮，所以常德宮閑著。由於昌德宮是當時朝鮮唯壹的大型宮殿，並被作為主宮使用，因此在火災後的第10天就開始了重建工作。首先，修復了保存明神宗禮物的大造殿、鄭茜殿和城光樓(下層為景訊館)。次年，又恢復興福軒、隆慶軒、雨花廳、養心閣、鄭起閣、寂靜堂、克歲齋、青香閣、吉祥門、宣平門、斜陽門、耀輝門、同春門。修復工程用了2000根原木，3000根原木，2000根柱子，全部采自江原道金城、寧嶽、浪川、臨堤。為了準備木材，發布了封山令，禁止進山。道光十四年(1834，淳祖三十四年)九月，常德宮重建終於完成。同治四年(1865，朝鮮高宗二年)四月，攝政王星璇·達袁俊決定重修景福宮。同治六年(1867，高宗四年)十壹月，景福宮建成，次年(1868)七月，皇室正式遷入景福宮。不過期間也有波折。同治十三年(1874，高宗十壹年)，因景福宮發生爆炸，皇室再次遷至昌德宮。光緒八年(1882，高宗十九年)六月，由於常德宮出現“馬入宮”的不祥之兆，高宗決定遷回景福宮。但由於“仁武兵變”的爆發，他停止了搬家的計劃，繼續住在常德宮。光緒十年(1884，高宗二十壹年)“沈嘉政變”爆發，常德宮成為清軍和日軍的戰場，遭到破壞，於是皇室於次年正月(1885)遷至景福宮。20多年後，常德宮幾乎荒廢，雜草叢生。隆熙元年(1907)，大韓帝國純宗李棣與純孝皇後印石、皇太子李因從青雲宮(德壽宮)遷至昌德宮。此後，昌德宮成為朝鮮王朝最後壹個皇族的住所。龍熙四年(1910)，大韓帝國最後壹次指揮會議在昌德宮興福軒召開，會議決定合並日韓。隨著《日韓合並條約》的簽訂，延續500年的大韓帝國和朝鮮王朝滅亡，朝鮮春宗繼續居住在昌德宮，被稱為“昌德宮李王”。大正六年(1917，春宗十年)，常德宮又發生火災，隨後重建了大造殿和鄭茜殿，但並未修復，而是帶有濃厚的日式風格。淳宗死後，淳真孝皇後印石和李因的妻子易邦嘉壹直住在常德宮的樂善堂，直到1989。
1954之後，昌德宮被大韓民國政府收歸國有，並逐步向公眾開放。1963被指定為歷史遺址編號122，其中昌德宮的任政殿被列為大韓民國的國寶。1997期間，在意大利那不勒斯舉行的聯合國教科文組織世界遺產委員會上，昌德宮和水原花城驛被列入世界文化遺產。常德宮重修時，以原貌為基礎，故仍保持原有風貌，建築13座，亭臺28座。昌德宮有很多歷史和建築價值，韓劇《大長今》也是在宮內的荷花池拍攝的。由於屬於世界文化遺產，所以實行文化遺產導遊制度，遊客只有參觀成立的導遊團才能參觀宮殿。每周四有免費遊覽制度，遊客可以自行參觀宮殿，但入場費較貴，不如加入導遊團。