季羨林故居在2009年12月16日遭到盜竊，靠近門的陽臺上的窗戶被砸出壹個大窟窿，室內物品被洗劫壹空，屋內壹片狼藉。
在季老故居書房內，壹臺已經過時的電視機擺在屋子中央，墻壁兩側都是大書櫃。在季老的臥室內的壹排大書櫃裏，擺放的均為現代版本書，現代版書籍壹本沒丟，但放二十四史、雜線裝書及四部叢刊的書櫃空無壹物。“盜賊知道哪些書有價值，所以沒偷現代版本的書。”季老之子季承說。除了書籍外，屋內掛在墻上的若幹張季老照片、書櫃上擺的五尊季老半身銅像，都不見了。另壹間屋的佛像少了幾尊。
季承表示，此次丟失的古籍***有161種。其中，有明確數目的線裝書就有4351冊，此外還有嘉慶殿本全唐文4大箱和全套二十四史，丟失書籍總數將近5000冊。
發現失竊後，季羨林的家屬向公安機關報了案。 2009年12月20日，北京海澱警方表示，季羨林北大故居被盜壹案已告破，嫌疑人方鹹如、王如於前日被刑事拘留，季老被盜物品全部追回。
據了解，方鹹如是安徽人，40歲左右，原是季老的“管家”，照顧季老的生活起居，為季老工作多年，他和王如交往密切。王如則是季老生前的秘書李玉潔的幹女兒。對於二人被拘，季老之子季承稱：“不可理喻！不計後果！喪心病狂！”同時表示，不完全相信二人能搬走5000余冊圖書和雕像，可能雇人涉案。