1938年春，受浙江省主席黃紹竑之邀，草擬《浙江省戰時政治綱領》十條，創辦《浙江潮》周刊，任主編，並兼任浙江省軍官教導總隊政治指導室主任。1939年春，主持中***南方局工作的周恩來視察浙江時，召見了嚴北溟，並作了指示。是年底，經黃紹竑的同意，嚴北溟帶了10多名骨幹(中***秘密黨員)到抗日遊擊區的長興任縣長，縣政府設在八都岕，從浙南帶來的骨幹分任政府各科長、政工隊長、自衛隊長和區長。他們整頓抗日武裝，建立婦救會，舉辦青訓班，創辦長興歷史上第壹所中學——長興戰時補習中學和《天北日報》。長興煤礦被國民黨最高當局下令炸毀後，嚴北溟籌集壹萬元法幣，派中***地下黨特支書記和縣委書記建立善後救濟委員會，組織生產自救，發放救濟款。在他的掩護下，中***長興縣委得以秘密建立，使長興的抗日工作有聲有色。但這也引起了國民黨第三戰區頑固派的註目，他們在長興建立“中統浙室”，嚴查“異黨”活動，暗殺嚴北溟的秘書，盜竊嚴的手槍、密碼本，逼走嚴北溟。1941年3月，擔任《浙江日報》發行人兼社長。抗戰勝利後到上海先後擔任大夏大學、光華大學、上海法學院教授。解放前夕參加國***和談代表團，和談破裂，隨團起義。解放後，由董必武介紹到復旦大學任教。生前曾任復旦大學哲學系教授，中國哲學專業博士生導師、中國宗教學會理事，中國孔子基金會理事、副會長，中國哲學史學會、中國無神論學會顧問，上海哲學學會和宗教學會理事、副會長，國務院古籍整理規劃小組成員，農工民主黨上海市委員會委員，辭海編委兼中國哲學史分科主編，哲學大辭典副主編兼中國哲學史卷主編等職。